两村村长签订的涉及林权争议的协议，其效力及处理方式需根据具体情况判断，核心在于协议内容是否合法、是否真实反映双方意愿，以及是否符合法定程序。具体分析如下：

1. 协议内容合法性
   若协议内容明确、具体，且不违反《森林法》《土地管理法》《民法典》中关于林权归属、流转的强制性规定（例如未侵犯国家或集体利益、未损害第三方权益），则协议具有法律效力。双方应按协议约定履行，争议可通过协商、调解或诉讼解决。
   例外情形：若协议涉及“以租代征”“擅自改变林地用途”等违法行为，则协议无效，需由行政机关或司法机关依法处理。

2. 协议签订程序合规性
   林权争议涉及集体利益，村长作为村民自治组织负责人，签订协议需符合《村民委员会组织法》规定的民主议定程序（如经村民会议或村民代表会议讨论通过）。若未履行法定程序，协议可能因“越权代理”或“程序违法”被撤销或确认无效。
   关键证据：需审查协议签订时是否留存会议记录、村民签字等程序性文件。

3. 争议解决路径

   • 协商调解：双方可依据协议约定或通过乡镇政府、林业主管部门介入调解，达成补充协议或和解方案。
     
   • 行政确权：若争议涉及林权权属不清，可依据《森林法》第22条向县级以上政府申请确权，由行政机关作出处理决定。
     
   • 民事诉讼：若协议合法有效但一方违约，可向法院提起合同纠纷之诉；若协议无效或可撤销，可主张返还财产、赔偿损失等。
     
   • 刑事报案：若争议涉及伪造协议、侵占集体资产等违法行为，可向公安机关报案。

4. 实务建议

   • 审查协议文本：重点核查林权四至范围、流转期限、价款支付等条款是否明确，是否存在歧义或漏洞。
     
   • 固定证据：收集协议原件、签订程序文件、林权证、历史承包合同等证据，以证明权属或协议效力。
     
   • 专业介入：林权争议常涉及行政许可、测绘鉴定等专业问题，建议委托律师协助分析法律风险，制定诉讼策略。

提示：林权争议处理需兼顾法律程序与地方政策，具体操作需结合争议发生地的地方性法规及司法实践。若需进一步分析协议效力或制定解决方案，可直接向我提供协议文本及争议背景，我将结合证据材料给出具体建议。