若合同原件丢失但能通过其他证据证明合同关系及内容，且快递公司存在过错，法院可能判决快递公司承担相应赔偿责任，赔偿金额根据实际损失及双方过错程度确定，但难以直接判决赔偿90万合同金额本身。具体分析如下：

1. 合同丢失的法律性质与责任主体
   合同原件属于重要文件，快递公司在承运过程中因保管不善导致丢失，构成违约。根据《民法典》第八百三十二条，承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任，但托运人或收货人需证明快递公司存在过错（如未尽到妥善保管义务）。若能证明快递公司存在故意或重大过失（如未按规定操作、未投保等），则快递公司需承担全部或主要责任。

2. 赔偿范围的认定
   赔偿金额并非直接等同于合同金额（90万），而是以实际损失为限。需结合以下因素综合判断：

   • 合同内容是否可复原：若合同有电子版、副本或其他证据（如聊天记录、邮件、录音等）能证明合同关系及核心条款（如金额、履行方式等），则实际损失可能仅包括重新签署合同的费用（如公证费、差旅费等）及因合同丢失导致的间接损失（如交易机会丧失、违约金支付等）。
     
   • 是否投保保价：若托运时未对合同进行保价，快递公司可能按《邮政法》第四十七条（未保价邮件最高赔偿不超过所收取资费的三倍）或快递公司自身条款赔偿；若保价，则按保价金额赔偿。
     
   • 因果关系与过错比例：若合同丢失与损失之间无直接因果关系（如对方已履行合同义务），或托运人未妥善包装、未及时通知快递公司文件重要性等，法院可能减轻快递公司责任。

3. 举证责任与诉讼策略
   原告需承担以下举证责任：

   • 证明合同存在且内容（如金额为90万）通过其他证据固定（如对方承认合同内容的录音、书面确认函等）；
     
   • 证明快递公司存在过错（如监控录像、快递员陈述、未签收记录等）；
     
   • 证明实际损失金额（如重新签署合同的费用发票、因丢失导致的违约金支付凭证等）。
     建议：立即收集所有与合同相关的证据（包括电子版、副本、沟通记录等），固定损失金额，并保留快递单据、投诉记录等证明快递公司过错的材料。

4. 可能的判决结果

   • 若证据充分，法院可能判决快递公司赔偿实际损失（如重新签署合同的费用+间接损失），但金额通常低于90万；
     
   • 若合同内容无法复原且无其他证据证明金额，法院可能以“举证不足”为由驳回部分或全部诉求；
     
   • 若快递公司能证明自身无过错（如已尽到合理保管义务），则可能不承担赔偿责任。

行动建议：立即联系快递公司协商赔偿，同时委托律师梳理证据、评估损失，尽快起诉以避免诉讼时效过期（一般为3年）。如有其他疑问，可直接向我咨询。