结论：在黄灯三秒时已经越过停止线并停下，通常不算闯红灯。不过，具体是否构成违章还需结合实际情况和当地交通管理部门的判定标准。

法律依据与判定标准

根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第三十八条第二项规定：“黄灯亮时，已越过停止线的车辆可以继续通行。”这意味着，在黄灯亮起时，如果车辆已经整体越过了停止线，那么继续行驶或停下都是合法的，不会被认定为闯红灯。

具体情境分析

1. 黄灯亮起前已越过停止线：

   • 如果车辆在黄灯亮起之前或之时已经越过了停止线，并且后续在黄灯持续的几秒内停下或继续前行，这种行为都是合法的，不会被视为闯红灯。因为此时车辆已经进入了路口的通行区域，按照交通规则，有权继续前行或停下。

2. 黄灯亮起时未越过停止线但停下：

   • 如果车辆在黄灯亮起时尚未越过停止线，但驾驶员选择及时停车，没有继续前行，那么这种行为也是合法的，不会构成闯红灯或闯黄灯。

3. 黄灯亮起时未越过停止线但继续前行：

   • 如果车辆在黄灯亮起时尚未越过停止线，但驾驶员选择继续前行并最终越过了对面车道的停止线，那么这种行为则属于闯红灯，将依法面临相应的交通处罚。不过，您的情况是已经越过停止线后停下，所以并不属于这一类。

注意事项与地区差异

• 地区差异：虽然上述规定是全国性的普遍原则，但不同地区交通管理部门在执行和判定上可能存在细微差异。例如，有些地区可能对“越过停止线”的判定更为严格，要求车辆的整体必须完全越过停止线才算合法。因此，驾驶员在行驶过程中应密切关注当地的交通信号灯变化和具体的交通规则。

• 安全驾驶：无论黄灯亮起时车辆是否已过停止线，驾驶员都应时刻保持高度警惕，确保行车安全。在黄灯亮起时，应根据自身所处位置、车速以及路况等因素谨慎决定是否继续通过路口，避免因急于抢行而引发交通事故。

实际执法中的考量

• 交通监控设备的记录：在大多数路口，都安装有交通监控设备来记录车辆的行驶情况。如果车辆在黄灯亮起后越过停止线并继续前行通过了路口，这些设备很可能会记录下这一行为。不过，在您的情况下，由于车辆已经停下，所以不太可能被记录为闯红灯。

• 交警的判断：在某些情况下，交警可能会根据现场情况和监控录像来判断车辆是否存在闯红灯的行为。如果交警认为车辆确实存在闯红灯的违法行为，将会依法进行处罚。但同样地，在您的情况下，由于车辆已经停下，所以不太可能被交警判定为闯红灯。

总结与建议：在黄灯三秒时已经越过停止线并停下，通常不算闯红灯。但为了确保行车安全和合规性，建议您在行驶过程中严格遵守交通规则，密切关注交通信号灯的变化和当地的交通规则。如果您对具体的交通判定标准或处罚措施有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况给出更详细的解答。