若存在未取得营运证而使用普通货运车辆拉集装箱的情况，将面临交通运管部门的行政处罚，具体处罚措施包括责令停止经营、没收违法所得，并处以罚款；若已取得营运证，但存在超限超载等违规行为，则将面临警告、罚款，情节严重的还可能吊销营运证。以下是对这两种情况的详细分析：
一、未取得营运证使用普通货运车辆拉集装箱
法律依据：
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令停止经营。
处罚措施：
- 责令停止经营：交通运管部门会要求违规车辆立即停止运输活动。
- 没收违法所得：如果违规运输产生了收入，这部分收入将被没收。
- 罚款：根据违法情节的严重程度，罚款金额在违法所得2倍以上10倍以下；如果违法所得不足2万元，则处以3万元以上10万元以下的罚款。
二、已取得营运证但存在违规行为
如果车辆已经取得了营运证，但在运输集装箱过程中存在超限超载等违规行为，也将面临相应的处罚：
超限超载处罚：
- 法律依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条，货运机动车超过核定载质量的，将面临警告或罚款处罚。具体罚款金额根据超载比例确定，如超过核定载质量未达30%的，处200元以上500元以下罚款；超过核定载质量30%或者违反规定载客的，处500元以上2000元以下罚款。
- 其他措施：交通运管部门还可能要求违规车辆卸载超载部分货物，并可能暂扣车辆直至违规行为得到纠正。
其他违规行为处罚：
- 如果车辆在运输过程中存在其他违规行为，如未按规定路线行驶、未按规定时间运输等，也可能面临相应的处罚，包括警告、罚款等。
- 情节严重情况：如果违规行为情节严重，如多次违规、造成严重后果等，交通运管部门还可能吊销车辆的营运证，并禁止其重新申请道路运输经营许可。
建议：
- 合规运输：确保车辆和驾驶员都具备相应的资质和证件，并严格按照规定进行运输活动。
- 了解法规：及时了解并遵守相关的道路运输法规和政策，避免因违规行为而面临处罚。
- 咨询专业：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。