结论：教育机构协议上写的退费要扣除建档费50元是否符合法律规定，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同自由原则与合法性审查：

   • 根据合同自由原则，教育机构与学员之间可以在协议中约定退费的相关条款，包括扣除一定费用作为建档费等。但这种约定必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得显失公平或损害学员的合法权益。
   • 如果协议中的退费条款是双方真实意思表示，且没有违反法律法规的强制性规定，那么该条款通常是有效的。但学员有权对条款的合理性提出质疑，特别是在扣除费用过高或没有合理依据的情况下。

2. 建档费的合理性与合法性：

   • 建档费作为教育机构为学员建立档案、管理学员信息等所产生的费用，其本身并非不合理。但关键在于费用的合理性和必要性。
   • 如果教育机构能够证明扣除的50元建档费是合理且必要的，且该费用在协议中有明确约定，那么扣除该费用可能是合法的。但如果教育机构无法证明费用的合理性，或者该费用在协议中没有明确约定，那么扣除该费用可能构成违约或违法行为。

3. 消费者权益保护：

   • 根据《消费者权益保护法》等相关法律法规，消费者在购买商品或接受服务时享有知情权、选择权、公平交易权等权益。
   • 如果教育机构在协议中未明确告知学员退费时需要扣除建档费，或者在退费时单方面增加扣除项目，那么这种行为可能侵犯了学员的知情权、选择权和公平交易权。学员有权要求教育机构按照协议约定退费，或者向相关部门投诉维权。

4. 实际操作建议：

   • 对于学员来说，在签订教育机构协议时，应仔细阅读协议条款，特别是关于退费、扣除费用等方面的约定。如有疑问或不明确之处，应及时向教育机构咨询并要求解释。
   • 如果学员认为教育机构扣除建档费的行为不合理或违法，可以与教育机构协商解决；协商不成的，可以向当地消费者协会、教育主管部门或市场监管部门投诉维权；必要时，也可以向法院提起诉讼。

进一步思考：在实际操作中，教育机构与学员之间的纠纷往往涉及多个方面，包括合同条款的解释、费用的合理性、消费者权益的保护等。因此，在处理此类纠纷时，需要综合考虑各种因素，确保处理结果的公平性和合法性。如果您遇到类似问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。