若医疗器械注册证内适用范围超出，企业应立即停止相关产品的超范围使用，并采取以下措施进行处理：

1. 内部审查与整改：

   • 企业应首先进行内部审查，确认超范围使用的具体情况，包括超出的范围、使用的时间、涉及的产品数量等。
   • 根据审查结果，企业应制定整改计划，明确整改措施、责任人和整改时限，确保所有超范围使用的产品得到妥善处理，如召回、销毁或重新注册等。

2. 与监管部门沟通：

   • 企业应主动与颁发医疗器械注册证的监管部门（如国家药品监督管理局或其地方分支机构）进行沟通，说明超范围使用的情况、原因及整改措施。
   • 根据监管部门的指导，企业应配合完成相关调查、检验或评估工作，确保整改措施符合法规要求。

3. 重新注册或变更注册：

   • 如果企业希望继续在超出的范围内使用相关产品，应根据《医疗器械监督管理条例》及相关规定，向监管部门申请重新注册或变更注册，以更新医疗器械注册证上的适用范围。
   • 在申请过程中，企业应提供充分的技术资料、临床试验数据等证据，证明产品在超出原适用范围后的安全性、有效性及质量可控性。

4. 法律责任与风险防控：

   • 企业应认识到超范围使用医疗器械可能面临的法律责任，包括行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。因此，企业应加强内部管理，完善质量控制体系，防止类似事件再次发生。
   • 企业还可以考虑购买相关保险，以分散因超范围使用医疗器械可能带来的法律风险和经济损失。

5. 持续合规与培训：

   • 企业应建立持续合规机制，定期对员工进行医疗器械法规培训，确保员工了解并遵守相关法规要求。
   • 企业还应关注医疗器械法规的更新和变化，及时调整内部管理和操作流程，确保始终符合法规要求。