当法人（这里特指公司作为法人实体）同时也是股东，想要注册一家新公司时，这一过程主要遵循《中华人民共和国公司法》的相关规定，并需考虑实际操作中的多个细节。以下是一个清晰、详细且深入的注册流程指南：

一、法律依据与前提条件

首先，根据《中华人民共和国公司法》，公司作为法人实体是可以作为股东设立新公司的。在开始注册流程之前，需要确保：

1. 主体资格合法：作为股东的公司必须是依法设立、合法存续的企业法人，具备有效的营业执照和其他相关资质。
2. 履行内部决策程序：按照股东公司的章程规定，召开股东会或股东大会，并形成同意对外投资的决议。
3. 出资能力与限制：确保股东公司有足够的出资能力，且对外投资不得超过公司章程规定的限额。通常，累计投资额不超过本公司净资产的50%（投资公司和控股公司除外）。

二、注册流程详解

1. 前期准备

• 确定新公司基本信息：包括公司名称、经营范围、注册资本、注册地址等。这些信息需符合相关法律法规的要求，并确保不与已有公司名称重复。
• 准备股东资格证明文件：包括股东公司的营业执照副本、法定代表人身份证明等。这些文件将用于证明股东公司的合法身份和出资能力。
• 确定新公司高管人选：包括法定代表人、董事、监事和经理人选，并提供相应的身份证明和任职文件。

2. 核名与提交材料

• 向工商部门提交核名申请：通过工商部门的在线系统或现场提交核名申请，等待审核结果。
• 确认公司地址、高管信息、经营范围等：核名通过后，需进一步确认新公司的详细信息，并在线提交预申请。
• 网上实名认证并签字：预审通过后，进行网上实名认证，并由相关人员签字确认申请材料。
• 正式提交申请材料：将签字确认后的申请材料正式提交给工商部门，等待审核。

3. 领取营业执照与后续事项

• 领取营业执照：审核通过后，携带准予设立登记通知书到工商部门领取营业执照正、副本。
• 办理公司印章：根据营业执照信息，到指定地点办理公司公章、财务章等印章。
• 开设银行账户：选择一家合适的银行，开设新公司的银行账户，用于日常经营和资金往来。
• 进行税务登记：到税务部门办理税务登记，核定税种、税率等，确保新公司能够依法纳税。

三、注意事项与风险防范

• 关联交易风险：如果新公司与股东公司之间存在关联交易，需建立健全关联交易管理制度，确保交易的合法性、公允性和透明度。
• 债务承担风险：股东公司仅以出资额为限对新公司债务承担责任，但需避免滥用股东权利给新公司和其他股东带来风险。
• 合规性要求：在注册和运营过程中，需严格遵守相关法律法规，确保新公司的合规性。
• 股权结构明确：在注册前，需明确新公司的股权结构，包括出资方式、出资额及出资时间等，以避免潜在纠纷。

综上所述，当法人（公司）同时也是股东时，注册新公司需要遵循法律法规、细致筹备、明确股权结构，并有效防范风险。通过遵循上述流程和建议，可以确保新公司的顺利设立和稳健发展。