结论：员工因不能胜任工作被辞退时，是否有赔偿取决于多种因素，包括是否在试用期内、用人单位是否履行了法定程序（如提供培训或调整岗位）、以及解除劳动合同的程序是否合法等。下面我将从不同情况为你详细分析。
一、试用期内的解除
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第一项，如果员工在试用期内被证明不符合录用条件（如不能胜任工作），用人单位可以辞退劳动者而无需支付经济补偿金。
- 分析：在试用期内，用人单位对员工的工作能力有更高的考察权。如果员工确实不能胜任工作，且用人单位有充分的证据证明这一点，那么用人单位可以合法解除劳动合同，且无需支付赔偿。
二、试用期外的解除
合法解除与经济补偿：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第二项，员工过了试用期后，若不能胜任工作，且经过培训或者调整工作岗位仍不能胜任，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，方可解除劳动合同。同时，根据该法第四十六条规定，用人单位在此种情况下解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。
- 经济补偿计算：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 举例：假设员工在公司工作了3年零4个月，月平均工资为8000元。若公司以员工不能胜任工作且经过培训后仍不能胜任为由合法解除劳动合同，则需向员工支付3.5个月工资的经济补偿，即28000元。若公司未提前三十日书面通知，还需额外支付一个月工资8000元。
违法解除与赔偿金：
- 分析：如果用人单位无法证明劳动者不能胜任工作，或者未对不能胜任工作的劳动者进行培训或调整工作岗位，就直接以不能胜任工作为由辞退员工，这构成违法解除劳动合同。
- 赔偿金计算：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条，用人单位违反本法规定解除或终止劳动合同的，应依照该法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
- 举例：假设员工工作了2年零2个月，月平均工资为6000元，若公司无任何证据证明员工不能胜任工作就直接将其辞退，则属于违法解除劳动合同，应向员工支付赔偿金。赔偿金将为经济补偿（2.5×6000=15000元）的二倍，即30000元。
三、特殊情况下的责任
如果劳动者不能胜任工作是由于用人单位未提供适当的培训或劳动条件造成的，用人单位在解除劳动合同时可能需要承担更大的责任，包括但不限于支付额外的经济补偿或赔偿金。
四、建议与注意事项
- 保留证据：无论是用人单位还是劳动者，都应保留好与不能胜任工作相关的证据，如考核记录、培训记录、调整岗位的通知等。
- 遵循法定程序：用人单位在解除劳动合同时，必须遵循法定程序，如提前通知、支付经济补偿等。否则，可能构成违法解除，面临支付赔偿金的风险。
- 及时咨询：如果你面临此类情况，或有任何疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。
综上所述，员工因不能胜任工作被辞退时的赔偿问题需根据具体情况判断。建议你在遇到此类情况时，及时咨询专业律师（即我），以便更好地维护自己的合法权益。