在强制清算程序中，清算组不能直接确认股东持股份额。下面是详细的分析：

首先，我们需要明确强制清算程序的性质和目的。强制清算程序是在公司无法自行清算或存在其他特定情形下，由法院指定清算组对公司进行清算的一种程序。其主要目的是保护债权人利益，确保公司财产得到公平、有序的分配。

接下来，我们分析股东持股份额的确认问题。股东持股份额是公司内部管理的重要事项，通常依据公司章程、股东名册、出资证明等文件来确定。这些文件的真实性和有效性，需要经过严格的法律程序和审查才能确认。

现在，我们来看清算组在强制清算程序中的职责和权限。清算组主要负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、制定清算方案等。虽然清算组在清算过程中有权对公司财产进行管理和处分，但其并不具备直接确认股东持股份额的权力。因为股东持股份额的确认涉及公司内部的股权结构和股东权益，需要依据相关法律和公司章程进行，不能仅凭清算组的单方面决定。

综上所述，强制清算程序中的清算组不能直接确认股东持股份额。如果股东对持股份额有异议或争议，应当通过法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。在强制清算程序中，清算组应当依据相关法律和公司章程的规定，公正、公平地处理公司财产和债权债务关系，保护债权人和股东的合法权益。