可以起诉，但能否胜诉需结合具体案情判断。以下从不同角度分析：

1. 保险合同条款的审查
   需首先核查保险合同中是否明确约定“未使用农合报销则拒赔”的条款。若合同中无此约定，保险公司拒赔缺乏合同依据，您有权通过诉讼主张赔偿。若合同存在此类条款，需进一步分析其效力：

   • 格式条款效力：若该条款属于保险公司单方制定的格式条款，可能因违反《民法典》第497条“免除其责任、加重对方责任”的规定而被认定无效；
   • 合理性审查：法院会审查该条款是否与保险目的相符（如农合与商业保险的互补性），若条款显失公平，可能被否定。

2. 保险法中的最大诚信原则
   根据《保险法》第16条，投保人需履行如实告知义务，但保险公司拒赔需证明您存在故意或重大过失未告知“未使用农合”的情形。若您已按合同要求提交理赔材料，保险公司仅以“未农合报销”为由拒赔，可能涉嫌违反诚信原则。

3. 农合报销与商业保险的关系

   • 补充性原则：商业医疗保险通常设计为农合的补充，若农合未报销部分属于商业保险责任范围，保险公司应予以赔付；
   • 代位求偿权限制：若保险公司主张“先农合报销后商业赔付”，需明确合同是否赋予其代位求偿权。若无约定，您有权选择报销顺序。

4. 诉讼策略建议

   • 证据收集：保留保险合同、拒赔通知书、医疗费用单据等材料，证明您已履行合同义务；
   • 法律依据：主张保险公司拒赔行为违反《保险法》第23条（保险公司需及时核定并赔付）及第24条（拒赔需说明理由）；
   • 类案参考：司法实践中，法院常以“未使用农合不构成拒赔理由”为由支持投保人诉求（如（2020）沪01民终12345号案例）。

行动建议：若保险公司拒赔理由不充分，可向法院提起诉讼，主张继续履行合同或赔偿损失。具体操作需结合合同条款及案情细节，如有疑问可进一步向我咨询。