结论：在房屋买卖中，若已支付69万但仅开具53万发票，买方是否有权拒绝支付多余尾款需分情况讨论，具体如下：

1. 若双方约定以发票金额作为付款依据
   若合同明确约定“买方支付款项以卖方开具的发票金额为准”，或双方通过补充协议、聊天记录等形式达成此类合意，则卖方仅开具53万发票的行为可能构成对付款金额的变更。此时，买方有权以“发票金额与实际付款不符”为由，拒绝支付超出53万的部分（即16万尾款），但需保留已支付69万的凭证（如转账记录、收据等）作为证据。

2. 若双方未约定发票金额与付款金额的关联性
   根据《民法典》第五百九十九条，出卖人应当按照约定或者交易习惯向买受人交付提取标的物单证以外的有关单证和资料（包括发票）。但发票本身仅是付款的凭证之一，而非付款的唯一依据。若合同明确约定买方需支付69万（如通过购房合同、付款协议等书面文件固定），则卖方未足额开具发票的行为虽可能涉及税务违法（如偷逃税款），但不影响买方履行付款义务。此时，买方无权以“发票金额不足”为由拒绝支付尾款，否则可能构成违约，需承担继续付款、支付违约金等责任。

3. 若卖方存在欺诈或恶意少开发票
   若卖方为逃避税款、转移财产等目的，故意少开发票且拒绝补开，买方可采取以下措施：

   • 要求补开发票：向卖方发出书面通知，要求其按实际收款金额（69万）补开发票，并保留通知送达的证据（如邮寄凭证、聊天记录）；
     
   • 暂缓支付尾款：在卖方未补开发票前，可暂缓支付尾款，但需确保已支付部分（69万）的凭证完整，避免被认定为“拒付全部款项”；
     
   • 投诉或举报：向当地税务机关举报卖方偷逃税款的行为，税务机关查实后可能对卖方处罚，并协助买方解决发票问题；
     
   • 主张违约责任：若卖方行为导致买方无法正常办理房产过户、贷款等手续，买方可要求卖方承担违约责任（如赔偿损失、解除合同等）。

行动建议：

1. 立即核对购房合同、付款协议等书面文件，确认双方约定的付款金额及发票开具条款；
   
2. 收集已支付69万的凭证（如银行转账记录、收据、卖方出具的收款确认书等）；
   
3. 向卖方发出书面通知，要求其按实际收款金额补开发票，并明确拒绝支付尾款的合理理由；
   
4. 若卖方拒绝配合，可咨询律师通过法律途径解决（如起诉要求补开发票、确认付款义务或主张违约责任）。
   

风险提示：
若买方无正当理由拒绝支付尾款，卖方可能通过诉讼要求买方继续付款并支付违约金，买方需承担败诉风险及诉讼成本。因此，拒绝付款前务必确保有充分证据支持自身主张。