合同中可以存在多次预付款的约定，但需满足法律及合同条款的明确性要求。具体分析如下：

1. 法律未禁止多次预付款
   根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，双方可自由约定预付款的次数、金额及支付条件。例如，长期供货合同中，买方可能分阶段支付预付款以保障供应稳定性。

2. 需明确约定以避免纠纷

   • 条款细化：合同中应清晰列明每次预付款的支付时间、金额、用途（如定金、材料采购款等）及扣减方式（如冲抵货款或不予退还）。
     
   • 条件关联：可设置预付款支付与合同履行进度挂钩，如“买方在卖方完成50%生产后支付第二笔预付款”，以降低风险。
     
   • 违约责任：若一方未按约定支付预付款，应明确违约责任（如支付违约金或解除合同）。

3. 实务中的注意事项

   • 资金安全：若预付款金额较大，建议通过银行共管账户或第三方托管方式监管资金。
     
   • 发票与税务：预付款阶段通常不开具全额发票，但需按税法规定处理预收款税务（如增值税预缴）。
     
   • 合同变更：若需调整预付款安排，应签订补充协议并留存书面证据。

建议：若您正在起草或审查含多次预付款的合同，可提供具体条款内容，我将协助分析风险点并优化表述。