没有关联性的公司之间是可以进行投资款往来的，但需满足一定条件并遵循相关法律法规。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律层面

1. 公司法规定：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司有权进行对外投资，但需符合公司章程的规定，并经过相应的决策程序（如股东会或董事会决议）。
   • 公司对外投资的对象并不限于与其有关联的公司，非关联公司同样可以成为投资对象。

2. 投资行为的合法性：

   • 只要投资行为不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体和第三人的利益，就是合法的。
   • 因此，没有关联性的公司之间进行投资款往来，只要符合上述条件，就是合法的。

二、实际操作层面

1. 投资协议的签订：

   • 在进行投资时，双方公司应签订详细的投资协议，明确投资金额、投资方式、投资期限、收益分配等关键条款。
   • 投资协议是保障双方权益的重要法律文件，应确保条款的合法性和有效性。

2. 资金往来的合规性：

   • 投资款应通过银行转账等合法方式进行，避免使用现金交易等不规范方式。
   • 双方应保留好资金往来的凭证，如银行转账记录、收据等，以备后续查证。

3. 税务处理：

   • 投资行为可能涉及税务问题，如企业所得税、印花税等。
   • 双方应按照税法规定进行税务申报和缴纳，避免税务风险。

三、风险防控层面

1. 尽职调查：

   • 在进行投资前，投资方应对被投资方进行尽职调查，了解其财务状况、经营情况、法律风险等。
   • 通过尽职调查，可以评估投资风险，为投资决策提供依据。

2. 风险隔离：

   • 如果可能的话，双方可以通过设立子公司或特殊目的实体（SPV）等方式进行投资，以实现风险隔离。
   • 这样即使被投资方出现经营问题或法律风险，也不会直接影响到投资方的母公司。

3. 法律合规审查：

   • 在进行投资前，双方应咨询专业律师进行法律合规审查，确保投资行为符合相关法律法规的规定。
   • 律师可以协助双方制定合规的投资方案，降低法律风险。

总结与建议：

没有关联性的公司之间进行投资款往来是合法的，但需满足一定条件并遵循相关法律法规。在实际操作中，双方应签订详细的投资协议、确保资金往来的合规性、进行税务处理，并加强风险防控。如果您在进行此类投资时遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。