结论：这种情况一般不算逾期，但需要结合贷款合同具体条款以及银行实际操作情况综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从合同约定角度

   • 贷款合同中通常会明确规定还款日期、利息扣除时间以及逾期罚金的计算方式等重要条款。如果合同中明确约定利息扣除日和还款日是两个独立的时间节点，并且规定只要在还款日当天或之前足额还款，即使利息在之前未成功扣除，也不视为逾期，那么按照合同约定，你6号还款且已足额，就不算逾期，银行不应扣除罚金。
   • 然而，如果合同中存在一些模糊条款或者特殊约定，例如规定利息扣除失败后，借款人需在特定时间内补足利息，否则视为逾期，而你没有在规定时间内补足，那么即使你6号还了本金部分，也可能被认定为逾期，银行有权扣除罚金。所以，你需要仔细查阅贷款合同中关于利息扣除、还款以及逾期认定的相关条款。

2. 从银行实际操作角度

   • 银行在处理贷款业务时，一般会有较为规范的操作流程。如果银行系统在5号扣利息时出现故障导致未成功扣除，但在6号你还款时，银行系统能够正常识别你的还款行为，并且没有将此次还款视为逾期还款进行处理，那么通常不会扣除罚金。
   • 不过，也有可能银行系统存在一定的延迟或者特殊设置，在利息未扣除的情况下，即使你按时还款，系统仍会自动判定为逾期并扣除罚金。这种情况下，你可以及时与银行沟通，向银行说明情况，要求银行核实还款记录和系统操作情况，如果确实是银行系统问题导致误扣罚金，银行应该会将罚金退还给你。

3. 从法律法规角度

   • 根据相关法律法规，银行在收取逾期罚金时需要有合理的依据和明确的约定。如果银行没有按照合同约定或者法律法规的规定，擅自扣除罚金，你有权向银行提出异议，并要求银行退还多扣的罚金。
   • 同时，如果因为银行的过错导致你被误认为逾期并产生了不良信用记录，你还可以向中国人民银行征信中心提出异议申请，要求更正你的信用记录。

建议：你可以先仔细查看贷款合同中关于利息扣除、还款以及逾期认定的相关条款，明确双方的权利和义务。然后，及时与银行取得联系，向银行说明5号利息未扣除但6号已还款的情况，要求银行核实还款记录和系统操作情况，并根据核实结果处理罚金问题。如果与银行沟通无果，你可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。