《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例中，对集体土地上房屋实际经营者权益的保护主要体现在以下条款及规定中：

1. 第四十七条（征收补偿）
   该条款明确规定，国家征收集体土地时，需对土地上的房屋及其他不动产给予补偿。对于实际经营者而言，若房屋用于合法经营（如商铺、厂房等），补偿范围包括：

   • 房屋价值补偿（按市场评估价）；
     
   • 因征收导致的停产停业损失补偿（需提供经营证明，如营业执照、纳税记录等）；
     
   • 搬迁费用及临时安置补偿。
     实际经营者需注意：补偿对象通常为房屋所有权人，但若经营者与所有权人签订租赁合同并约定补偿分配，可依据合同主张权益；未约定的，需通过协商或诉讼解决。

2. 第六十二条（宅基地使用权与房屋权益）
   宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。实际经营者若通过租赁、合作等方式使用宅基地上的房屋，需注意：

   • 宅基地使用权不得单独转让，但房屋可随宅基地使用权一并流转（需符合“房地一体”原则）；
     
   • 经营者需确认房屋所有权人是否拥有合法宅基地使用权，避免因权属瑕疵导致经营风险。

3. 第六十三条（集体经营性建设用地入市）
   允许符合规划的集体经营性建设用地通过出让、出租等方式交由单位或个人使用。实际经营者若通过合法程序取得集体经营性建设用地使用权用于经营，其权益受法律保护，包括：

   • 土地使用权期限内的稳定经营权；
     
   • 土地被征收时的补偿权（补偿范围包括土地价值、地上附着物及经营损失）。

4. 实施条例相关条款（如第三十二条）
   进一步细化征收补偿程序，要求征收方在补偿方案中明确对实际经营者的补偿标准，并保障其知情权、参与权。经营者可要求征收方公示补偿方案，对不合理补偿提出异议。

实际经营者权益保护建议：

1. 确权优先：经营前需确认房屋所有权及土地使用权权属清晰，避免无权处分或权属纠纷；
   
2. 合同约定：与所有权人签订书面合同，明确补偿分配、经营风险承担等条款；
   
3. 留存证据：保存经营证明（如营业执照、纳税记录、租赁合同等），以便主张补偿时提供依据；
   
4. 依法维权：若征收补偿不合理或权属受侵害，可通过行政复议、行政诉讼等途径维权。
   

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