结论：公司主要做代付业务，在符合相关法律法规、具备合法经营资质、资金来源与用途合法合规，并严格遵守相关监管要求的前提下，是合法的。以下是对这一结论的详细分析：
一、法律依据与合法性基础
《民法典》的支撑：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，特别是关于委托合同的规定，公司可以基于有效的委托合同，代为处理委托人的事务，包括代付款项。这为代付业务提供了法律基础。
特定行业的合法性：
- 如果公司属于金融机构或取得相关支付业务许可的支付机构，根据《商业银行法》及《非银行支付机构网络支付业务管理办法》等规定，可以经营包括代理收付款项在内的业务。
二、合法性条件与要求
合法委托授权：
- 代付业务必须基于合法的委托合同关系，委托方有真实的业务需求，受托方（即公司）按照约定处理事务。这要求双方签订明确的委托合同，规定双方的权利义务、费用标准、结算方式等条款。
机构资质合规：
- 开展代付业务的公司需具备相应资质。如果是金融机构，需遵守《商业银行法》等相关规定；如果是非金融机构，则需取得《支付业务许可证》或相关监管部门的批准。
资金来源与用途合法：
- 代付的资金来源和去向必须合法，基于真实的交易或服务。公司不得利用代付业务从事洗钱、逃税、诈骗等非法活动。
合规账务处理：
- 公司应设立专门账户或会计科目，清晰记录代付款项的流入和流出。同时，确保所有代付业务都有合法的原始凭证作为依据，如发票、收据、合同等。
遵守反洗钱等法规：
- 公司需遵守反洗钱、反恐融资等法律法规的规定，对用户身份进行核实，对交易进行监控和报告。
三、违法情形与风险提示
无资质经营：
- 非金融机构未经许可擅自从事代付业务，尤其是涉及大量资金的收付结算，可能涉嫌非法经营金融业务，面临法律制裁。
非法目的：
- 若代付业务被用于洗钱、逃税、诈骗等违法犯罪活动，无论形式如何，均属违法行为，公司将承担法律责任。
违反委托约定或侵犯权益：
- 公司作为受托方，若违反委托合同约定，擅自挪用资金、不按规定支付或操作不当造成损失，需承担法律责任。
四、建议与总结
谨慎选择业务模式：
- 公司在开展代付业务前，应仔细研究相关法律法规，确保业务模式的合法性。如果涉及跨境支付等特殊业务，还需遵守相关的外汇管理规定。
完善内控制度：
- 公司应建立健全内控制度，加强风险管理，确保业务操作合规性。这包括设立专门账户、详细记录资金流向、定期对账等措施。
持续关注法规变化：
- 随着法律法规的不断更新和完善，公司应持续关注相关法规变化，及时调整业务模式和操作流程，以降低法律风险。
总结：公司主要做代付业务，在符合相关法律法规、具备合法经营资质、资金来源与用途合法合规，并严格遵守相关监管要求的前提下，是合法的。然而，公司也需警惕违法情形，谨慎选择业务模式，完善内控制度，并持续关注法规变化，以确保业务的合法性和稳健性。如果您在代付业务方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。