土地边界协议中，双方的权利主要包括以下几个方面：
明确土地权属与边界的权利：
- 双方有权通过协议明确各自土地的具体位置、四至界限（即东、南、西、北四个方向的边界），这是土地边界协议最核心的内容。明确边界有助于避免未来因土地权属不清而产生的纠纷。
使用土地的权利：
- 协议应明确双方对各自土地的使用权，包括但不限于耕种、建设、养殖等。双方应尊重对方对土地的使用权，不得无故干涉或侵犯。
维护土地边界的权利：
- 双方有权要求对方维护土地边界的清晰与完整，如设置界桩、界石或围墙等标志物，并确保这些标志物不被破坏或移动。这有助于保持土地边界的明确性，减少争议。
请求排除妨碍的权利：
- 如果一方发现对方的行为（如越界耕种、建设等）侵犯了自己的土地权益，有权要求对方停止侵害、排除妨碍，并恢复原状。这是保护土地权益的重要法律手段。
协商与调解的权利：
- 在协议履行过程中，如果双方因土地边界问题产生争议，有权通过协商、调解等方式解决。这有助于维护双方的关系，避免矛盾升级。
法律救济的权利：
- 如果协商、调解无果，双方均有权向人民法院提起诉讼，通过法律途径解决争议。法院将根据事实和法律规定，对土地边界进行确认，并作出公正的判决。
在签订土地边界协议时，双方还应注意以下几点：
- 协议内容应明确具体：协议应详细描述土地的位置、四至界限、使用方式等关键信息，避免使用模糊或歧义的语言。
- 协议应合法有效：协议应符合法律法规的规定，不得违反公序良俗或损害国家、集体或第三人的利益。
- 协议应双方自愿签订：协议的签订应基于双方的真实意愿，不得存在欺诈、胁迫等情形。
- 协议应办理相关手续：根据当地法律法规的规定，协议可能需要办理公证、登记等手续才能生效或具有更强的法律效力。
若遇到土地边界纠纷，建议双方首先尝试通过友好协商解决。如果协商无果，可以考虑寻求第三方调解或向人民法院提起诉讼。在处理土地边界纠纷时，保持冷静和理性至关重要，避免采取过激行为导致矛盾升级。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。