员工旷工一天，用人单位通常不能按3日内平均工资标准扣除其绩效，这一做法缺乏法律依据且可能违反劳动法规。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法定事由或双方约定的事由，否则用人单位不得随意扣减员工的工资。
《工资支付暂行规定》第十六条指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但经济损失的赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这表明，即使员工因旷工给单位造成了损失，单位也不能随意扣减其工资，而需遵循一定的比例和限额。
二、旷工与扣薪的关系
旷工的定义：旷工是指员工在未经批准的情况下擅自缺勤的行为，这种行为违反了单位的规章制度和劳动合同中的相关条款。
扣薪的合法性：虽然员工旷工可能给单位带来损失，但单位不能因此就随意扣减其工资。扣薪必须基于合法、合理的原因，并遵循相关法律法规的规定。
旷工一日扣三天薪水的违法性：这种做法显然超出了法律规定的范围，属于无故克扣员工工资的行为。它不仅损害了员工的合法权益，还可能引发劳动争议和法律纠纷。
三、合理的处理方式
依据规章制度处理：单位应建立健全的考勤制度和规章制度，明确旷工的定义、后果和处理方式。当员工出现旷工行为时，单位可以依据这些制度进行处理，如警告、记过等，但不应直接扣除多日工资作为惩罚。
沟通与协商：在处理旷工问题时，单位应与员工进行充分的沟通和协商，了解其旷工的原因和情况，尽量通过和解的方式解决问题。如果员工旷工确实给单位造成了经济损失，单位可以要求员工进行赔偿，但赔偿金额应合理且符合法律规定。
依法维权：如果员工对单位的扣薪行为有异议，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
四、特殊情况下的处理
如果员工的旷工行为确实给单位造成了重大经济损失，且这种损失无法通过其他方式得到弥补，单位可以考虑通过法律途径追究员工的赔偿责任。但在此过程中，单位必须提供充分的证据证明员工的旷工行为与经济损失之间的因果关系，以及经济损失的具体数额。同时，单位在追究员工赔偿责任时，也应遵循法律规定的程序和限额。
总结与建议：
员工旷工一天，用人单位不能按3日内平均工资标准扣除其绩效。单位应依据合法、合理的规章制度对旷工行为进行处理，并通过沟通与协商解决争议。如果员工旷工确实给单位造成了经济损失，单位可以要求员工进行赔偿，但赔偿金额应合理且符合法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。