对违反飞行管理规定扰乱公共秩序的行为，主要由公安机关负责处理，同时航空管理部门也会依据相关规定进行行政处罚。以下从不同角度进行详细分析：
一、公安机关的职责
治安管理处罚：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对于扰乱公共场所秩序、妨碍交通工具正常行驶等行为，公安机关有权进行处罚。在飞行领域，如果有人违反飞行管理规定，如未经许可擅自飞行、在禁飞区域飞行等，且这些行为扰乱了公共秩序，公安机关可以依据治安管理处罚法对其进行警告、罚款或拘留等处罚。
刑事责任追究：
- 如果违反飞行管理规定的行为情节严重，构成犯罪的，公安机关将依法进行刑事立案侦查，并移送检察机关审查起诉。例如，如果有人故意驾驶飞行器撞击其他物体或人员，造成严重后果的，可能构成故意杀人罪、故意伤害罪或危害公共安全罪等，公安机关将依法追究其刑事责任。
二、航空管理部门的职责
行政处罚：
- 航空管理部门（如民航局或地方民航监管机构）负责制定和执行飞行管理规定。对于违反这些规定的行为，航空管理部门有权进行行政处罚，如罚款、吊销飞行执照、限制飞行活动等。这些处罚措施旨在维护飞行安全、保障公共秩序和航空运输的正常进行。
监管与执法：
- 航空管理部门还负责对飞行活动进行监管和执法。他们有权对飞行器、飞行人员、飞行活动等进行检查和监督，确保飞行活动符合相关规定和标准。如果发现违反飞行管理规定的行为，航空管理部门将依法进行调查和处理。
三、综合处理机制
在实际操作中，对于违反飞行管理规定扰乱公共秩序的行为，公安机关和航空管理部门通常会建立联合处理机制。公安机关负责维护现场秩序、处理治安案件和刑事案件；航空管理部门则负责提供技术支持、协助调查取证和执行行政处罚等。这种综合处理机制有助于更有效地打击违反飞行管理规定的行为，维护飞行安全和公共秩序。
建议：如果您或他人发现有人违反飞行管理规定扰乱公共秩序，应及时向公安机关或航空管理部门报告。同时，作为飞行活动的参与者或相关方，也应严格遵守飞行管理规定，共同维护飞行安全和公共秩序。如果您在飞行活动或相关事务中遇到法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。