医疗废物被盗属于严重违法行为，需立即采取法律措施并配合相关部门处理，具体处理步骤如下：

1. 立即报警并保护现场
   根据《医疗废物管理条例》第17条，医疗废物属于危险废物，其丢失、被盗可能引发公共卫生风险。发现被盗后，应第一时间向公安机关报案，并保护现场（如封锁区域、留存监控录像等），为后续调查提供证据。

2. 通知卫生健康主管部门及生态环境部门
   依据《医疗废物管理条例》第19条，医疗机构需在2小时内向所在地县级卫生健康主管部门和生态环境部门报告，说明被盗医疗废物的种类、数量、可能流向及危害评估。若涉及传染病病原体废物，还需同步报告疾控机构。

3. 配合调查与追责

   • 刑事责任：若盗窃者意图非法处置医疗废物（如倾倒、贩卖），可能触犯《刑法》第338条“污染环境罪”或第336条“妨害传染病防治罪”，最高可处7年有期徒刑。
     
   • 行政责任：医疗机构若因管理疏漏导致被盗，可能面临《医疗废物管理条例》第47条规定的警告、罚款（5000元至3万元），甚至吊销执业许可。
     
   • 民事赔偿：若被盗医疗废物造成他人损害，医疗机构可能需承担《民法典》第1229条规定的无过错侵权责任。

4. 风险防控与后续整改

   • 紧急处置：联合生态环境部门对可能受污染的区域进行检测，必要时启动应急预案（如消毒、隔离）。
     
   • 完善管理：修订医疗废物管理制度，加强人员培训、监控覆盖及运输环节的安保措施（如使用GPS追踪、双人押运）。
     
   • 公开说明：若事件引发公众关注，需通过官方渠道通报处理进展，避免恐慌。

提示：医疗废物管理涉及公共卫生安全，任何环节的疏漏均可能引发严重后果。若您是医疗机构负责人或相关责任人，建议立即自查内部管理流程，并咨询我进一步评估法律风险。