在处理违法运输烟草专卖品的案件中，以下情形会导致没收违法运输的烟草专卖品和违法所得：

1. 非法运输的烟草专卖品价值或数量超标：非法运输的烟草专卖品价值超过5万元，或者运输卷烟数量超过100件（每1万支为1件）。

2. 多次违法被处罚：被烟草专卖行政主管部门处罚两次以上，再次违法运输时，将面临没收处罚。

3. 抗拒检查：抗拒烟草专卖行政主管部门的监督检查人员依法实施检查，属于情节严重的违法行为，将导致烟草专卖品和违法所得被没收。

4. 非法运输走私烟草专卖品：走私烟草专卖品是严重的违法行为，一旦查处，不仅烟草专卖品和违法所得会被没收，还可能面临更严厉的刑事处罚。

5. 运输无生产许可证的烟草专卖品：运输无烟草专卖生产企业许可证的企业生产的烟草专卖品，属于非法行为，将面临没收处罚。

6. 利用伪装或特种车辆逃避检查：利用伪装非法运输烟草专卖品，或者利用特种车辆运输烟草专卖品以逃避检查，都属于情节严重的违法行为，将导致烟草专卖品和违法所得被没收。

7. 其他非法运输行为且情节严重：除上述情形外，还有其他非法运输烟草专卖品的行为，只要情节严重，都可能面临没收处罚。

这些规定主要依据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例的相关条款。如有需要，您可以随时向我咨询具体的法律问题，我会为您提供专业的解答。