结论：以公益为目的非法侵犯他人著作权并复制发行5000册书籍的行为，仍然构成侵犯著作权罪，但具体量刑时可能会考虑其公益目的作为量刑情节之一进行酌情处理。
法律分析
侵犯著作权罪的构成要件：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百一十七条的规定，侵犯著作权罪是指以营利为目的，未经著作权人许可，复制发行、通过信息网络向公众传播其文字作品、音乐、美术、视听作品、计算机软件及法律、行政法规规定的其他作品等行为，且违法所得数额较大或者有其他严重情节的。
- 在本案例中，行为人未经著作权人许可，复制发行了5000册书籍，这明显符合侵犯著作权罪的客观行为要件。
公益目的对犯罪构成的影响：
- 公益目的本身并不改变行为的违法性。即使行为人声称其复制发行行为是为了公益目的，如传播知识、文化等，但这并不能成为其非法侵犯他人著作权的合法理由。
- 公益目的可能会在量刑时作为量刑情节之一进行考虑。法院在判决时，可能会根据行为人的主观恶性、社会危害程度以及公益目的的具体情况，酌情从轻或减轻处罚。但这并不意味着公益目的可以完全免除行为人的刑事责任。
复制品数量的量刑标准：
- 根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，非法经营数额在二十五万元以上的，或者复制品数量合计在五千张（份）以上的，属于“有其他特别严重情节”。
- 在本案例中，行为人复制发行了5000册书籍，已经达到了“有其他特别严重情节”的标准。如果行为人同时满足违法所得数额巨大的条件，那么其将面临三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金的刑事处罚。
法律建议
- 尊重著作权：无论出于何种目的，都应尊重他人的著作权，未经许可不得非法复制发行他人的作品。
- 合法传播：如果确实出于公益目的需要传播知识、文化等，可以通过合法途径获取著作权人的许可，或者选择使用已经进入公有领域的作品进行传播。
- 咨询专业律师：如果面临类似的法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，并寻求合法的解决方案。
可能的法律后果
- 如果行为人被认定构成侵犯著作权罪，且情节特别严重，那么其将面临三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金的刑事处罚。
- 即使行为人声称其复制发行行为是为了公益目的，但这并不能成为其免除刑事责任的合法理由。不过，在量刑时，法院可能会考虑其公益目的作为量刑情节之一进行酌情处理。
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