商标侵权案件不予立案的理由可能包括以下几种情况：

1. 被争议名称不属工商行政管理机关登记注册管辖范围：

   • 若商标侵权争议涉及的名称并不属于工商行政管理机关的登记注册管辖范围，那么相关机关可能不予受理此类案件。例如，某些特殊行业或领域的名称可能由其他专门机构进行管理，此时向工商行政管理机关提出侵权争议申请将不会被受理。

2. 被争议企业自登记注册之日起已满五年而申请人未提出争议申请（恶意注册不受此限）：

   • 根据相关规定，如果被争议的企业自登记注册之日起已经超过了五年，而申请人在此期间内并未提出争议申请，那么除非能证明被争议企业存在恶意注册的情况，否则相关机关可能不予受理。这一规定旨在保护企业的稳定经营，避免长期悬而未决的争议。

3. 争议申请不属于名称争议或商标侵权争议：

   • 如果申请人提出的争议申请并不属于名称争议或商标侵权争议的范畴，那么相关机关将不会受理此类案件。例如，申请人可能错误地将其他类型的纠纷（如合同纠纷）当作商标侵权争议来提出申请。

4. 行政机关或法院已对争议事项做出行政处理或司法裁决：

   • 如果行政机关或法院已经对争议事项做出了行政处理或司法裁决，那么相关机关将不会再次受理此类案件。这是为了避免重复处理和浪费司法资源。

5. 申请人未提供充分证据证明被争议企业存在恶意注册或侵权行为：

   • 在商标侵权案件中，申请人需要提供充分的证据来证明被争议企业存在恶意注册或侵权行为。如果申请人未能提供足够的证据，或者提供的证据不足以支持其主张，那么相关机关可能不予受理此类案件。例如，申请人可能仅凭主观臆断或未经证实的传闻来提出侵权争议申请。

6. 申请人并非涉争议商标的所有人，且未提交商标所有人关于权利保护方面的授权：

   • 如果申请人并非涉争议商标的所有人，且未能提交商标所有人关于权利保护方面的授权，那么相关机关可能不予受理此类案件。这是因为非商标所有人通常无权直接提起商标侵权争议申请，除非得到商标所有人的明确授权。

法律建议：

• 在提出商标侵权争议申请前，请务必确保您的申请符合相关法律法规的规定，并准备好充分的证据来支持您的主张。
• 如果您对商标侵权争议的处理流程或相关法律法规存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。

可能的法律后果：

• 如果您的商标侵权争议申请被不予受理，您可能会失去通过行政或司法途径解决争议的机会。
• 在某些情况下，如果您的申请被错误地不予受理，您还可以通过行政复议或司法诉讼等途径来维护自己的合法权益。但请注意，这些途径可能需要耗费更多的时间和精力。

希望以上解答能够帮助您更好地理解商标侵权案件不予立案的理由。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。