商标侵权案件中，市场监督管理局罚款5000元，并不影响民事赔偿的确定，民事赔偿应依据权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益、注册商标许可使用费等因素来确定。以下是对此问题的详细分析：

一、民事赔偿的确定原则

根据《中华人民共和国商标法》第六十三条，侵犯商标专用权的赔偿数额，主要按照以下原则确定：

1. 按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定：

   • 这是最直接的方式，但需要权利人提供充分的证据来证明其实际损失。例如，权利人可以提供因侵权导致的商品销售减少量、降价幅度等证据，来计算其实际损失。

2. 实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定：

   • 在这种方式下，侵权人的获利将被视为权利人的损失。例如，侵权人销售侵权商品的数量、单价等，都可以作为计算其获利的依据。

3. 权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该商标许可使用费的倍数合理确定：

   • 这种方式适用于权利人和侵权人之间的损失或获利难以计算的情况。例如，如果权利人曾将商标许可给他人使用，并收取了许可使用费，那么可以参照这个许可使用费的倍数来确定赔偿数额。

4. 对恶意侵犯商标专用权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定赔偿数额：

   • 这是对恶意侵权行为的惩罚性赔偿。如果侵权人明知是侵权行为而仍然进行，且情节严重，那么法院可以在按照上述方法确定的赔偿数额的基础上，增加一倍至五倍的赔偿。

二、市场监督管理局罚款与民事赔偿的关系

市场监督管理局对商标侵权行为的罚款，是行政机关对侵权行为的行政处罚，其目的是维护市场秩序，保护消费者权益。而民事赔偿则是侵权人因侵权行为给权利人造成损失后，应承担的民事责任。两者性质不同，互不影响。因此，即使市场监督管理局对侵权人罚款5000元，这并不影响权利人要求侵权人承担民事赔偿责任。

三、民事赔偿的具体计算

在商标侵权案件中，民事赔偿的具体计算可能涉及多个因素，包括但不限于：

• 权利人因被侵权所受到的实际损失（如商品销售减少量、降价幅度等）；
• 侵权人因侵权所获得的利益（如侵权商品销售量、单价等）；
• 注册商标许可使用费的倍数（如果适用）；
• 权利人为制止侵权行为所支付的合理开支（如调查取证费用、律师费用等）。

计算公式示例（假设以侵权人获利计算）：

赔偿数额 = 侵权商品销售量 × 侵权商品单价 × 利润率（或权利人商品单位利润）

如果无法直接计算侵权人获利，或者权利人实际损失更易于计算，则可以采用其他计算方式。

四、建议

1. 收集证据：权利人应尽可能收集与侵权行为相关的证据，如侵权商品、交易记录、广告宣传资料等，以便在民事诉讼中证明其实际损失或侵权人的获利。
2. 咨询专业律师：商标侵权案件涉及复杂的法律问题和证据收集，建议权利人咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
3. 及时维权：一旦发现商标被侵权，权利人应及时采取措施，包括向市场监督管理部门投诉、向法院起诉等，以防止损失进一步扩大。

综上所述，商标侵权案件中，市场监督管理局的罚款并不影响民事赔偿的确定。民事赔偿应依据权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益等因素来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。