结论前置：即使结婚证在男方手上，女方仍然可以依法起诉离婚，维护自身合法权益。
详细分析：
在我国，离婚主要有协议离婚和诉讼离婚两种途径。当结婚证被男方持有时，这并不构成女方起诉离婚的实质性障碍。女方可以通过以下方式来启动离婚诉讼程序：
申请补办结婚证：
- 女方可以携带本人身份证、户口本等相关证件，前往原办理婚姻登记的机关或一方常住户口所在地的婚姻登记机关申请补办结婚证。
- 婚姻登记机关在查证属实后，会为女方补发结婚证。补办完成后，女方即可凭借补办的结婚证、起诉状、身份证以及相关证据材料，向有管辖权的法院提起离婚诉讼。
开具婚姻关系证明：
- 如果补办结婚证不便，女方可以选择持本人身份证、户口本等材料，前往婚姻登记机关申请开具婚姻关系证明。
- 该婚姻关系证明与结婚证具有同等法律效力，能够作为证明双方婚姻关系的有效凭证。女方凭借此证明、起诉状、身份证及其他相关证据材料，同样可以向法院提起离婚诉讼。
提供其他证明材料：
- 在某些情况下，如果女方无法直接获取结婚证或婚姻关系证明，还可以考虑提供居委会、村委会出具的证明材料，或者双方生育子女的出生证明等，结合双方共同生活的事实证据，来辅助证明双方存在婚姻关系，从而提起离婚诉讼。
法律建议：
- 在整个离婚过程中，女方应保持冷静和理智，充分了解自己的权利和义务，积极维护自己的合法权益。
- 如果女方对法律程序不熟悉或男方不同意离婚，建议女方寻求专业的法律帮助，比如聘请律师或咨询法律援助机构，以确保自己的权益得到充分保障。
- 女方在准备起诉材料时，应确保所有材料的真实性和有效性，并符合法律法规的要求。
可能法律后果：
- 如果女方能够提供充分的证据证明双方存在婚姻关系，并且符合离婚的法定条件，法院将有可能判决准予离婚。
- 如果女方提供的证据不足或不符合法定条件，法院可能会驳回女方的诉讼请求。但女方仍然可以在符合条件时再次提起诉讼。
综上所述，结婚证在男方手中并不影响女方通过合法途径起诉离婚。女方可以根据自己的实际情况选择最适合自己的方式来启动离婚诉讼程序，并依法维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。