总公司应立即启动内部调查程序，根据调查结果采取包括但不限于纪律处分、追偿损失、移送司法机关等措施，具体处理方式需结合挪用行为的性质、金额及后果综合判断。以下是具体分析：

1. 内部调查与责任认定
   总公司需第一时间成立专项调查组，核查分公司挪用公款的具体事实（如资金流向、操作流程、涉及人员等）。重点需区分：

   • 是否构成职务侵占或挪用资金罪：若挪用金额达到刑事立案标准（如个人挪用6万元以上、单位挪用10万元以上），且具有非法占有目的或超过3个月未还，可能触犯《刑法》第271条（职务侵占罪）或第272条（挪用资金罪），需立即向公安机关报案。
     
   • 是否属于违规操作：若未达刑事标准，但违反公司财务制度（如未经审批擅自调用资金），则属于内部管理问题，需通过纪律处分或民事追偿解决。

2. 刑事责任处理
   若调查确认涉嫌犯罪，总公司应：

   • 立即向公安机关经济犯罪侦查部门报案，并提交挪用证据（如银行流水、审批记录、证人证言等）；
     
   • 配合司法机关调查，协助追缴赃款；
     
   • 根据《公司法》第149条，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员（如分公司负责人、财务人员）主张民事赔偿，要求其返还挪用资金及利息。

3. 民事责任处理
   若不构成犯罪，总公司可：

   • 内部追责：依据公司章程或内部管理制度，对涉事人员给予警告、记过、降职、开除等处分；
     
   • 追偿损失：通过民事诉讼要求涉事人员返还挪用资金，并赔偿因挪用导致的损失（如利息损失、投资机会损失等）；
     
   • 完善制度：修订分公司财务审批流程，加强资金监管（如实行“双签制”、定期审计等），防止类似事件再次发生。

4. 特殊情形处理

   • 若分公司负责人系总公司委派：总公司可能因选任、监督过失承担连带责任，需在内部追责时明确管理责任；
     
   • 若挪用资金用于总公司项目：需核查是否存在“表见代理”情形（如分公司负责人以总公司名义借款），避免总公司被认定为共同借款人。

建议行动步骤：

1. 立即冻结分公司相关账户，防止资金进一步流失；
   
2. 委托会计师事务所进行专项审计，固定证据；
   
3. 咨询刑事律师评估报案可行性，同步准备民事诉讼材料；
   
4. 召开股东会或董事会，通报情况并制定整改方案。
   

如有进一步细节（如挪用金额、用途、涉及人员等），可向我补充说明，我会为您定制更具体的处理方案。