结论：协议是否合法不能一概而论，需结合具体情况判断，主要从是否违反法律强制性规定、是否显失公平等角度分析。以下为详细分析：
- 从是否违反法律强制性规定角度
- 如果这份五年一次性租金且租金低于市场价的协议，不存在违反法律、行政法规的强制性规定的情况，那么协议在形式上是合法的。例如，协议双方都是具有完全民事行为能力的自然人、法人或其他组织，协议内容是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形，并且协议所涉及的租赁标的合法，租赁用途不违反法律规定等。像普通的住宅租赁，只要租赁手续合法合规，即使租金低于市场价，也是被允许的。
- 但是，如果租赁的标的存在特殊情况，比如是违法建筑，那么无论租金高低以及租赁期限如何约定，该租赁协议都会因为租赁标的违法而无效。另外，如果租赁用途违反了相关法律法规的强制性规定，比如将住宅改为经营性场所但未经过相关部门批准，这样的协议也是不合法的。
- 从是否显失公平角度
- 如果租金低于市场价的程度达到了显失公平的程度，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。显失公平是指一方当事人利用对方处于困境，或者缺乏判断能力等情况下，与对方所订立的明显对自己有重大不利的合同。例如，出租方因为急需资金，在缺乏经验或者处于困境的情况下，与承租方签订了租金极低的五年一次性租金协议，这种情况下，出租方可以在知道或者应当知道撤销事由之日起一年内行使撤销权。
- 然而，如果租金虽然低于市场价，但双方是在平等、自愿的基础上，经过充分协商达成的协议，并且出租方有合理的理由降低租金，比如承租方对房屋进行了大规模的装修或者提供了其他对出租方有利的条件，那么这种低于市场价的租金约定是合理的，协议也是合法有效的。