若法院已冻结公司账户，后续账户内有钱款进入时，执行程序将按以下步骤推进，核心结论如下：

1. 执行法院的主动核查义务
   根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二十一条，执行法院需定期通过银行系统查询被冻结账户的资金变动情况。一旦发现账户内新增资金，法院应立即采取划扣措施，无需等待申请执行人另行申请。实践中，法院通常与银行建立实时监控机制，资金入账后可能数日内即完成划扣。

2. 申请执行人的权利保障路径
   若法院未及时划扣，申请执行人可采取以下措施：

   • 书面催告执行：向法院提交《继续执行申请书》，附上账户资金变动记录（如银行流水），要求法院立即划扣；
     
   • 申请更换执行法官：若法院长期不作为，可依据《民事诉讼法》第二百三十二条向上一级法院申请执行监督；
     
   • 追究拒执罪（极端情况）：若公司通过隐匿、转移资金等方式规避执行，且情节严重，可向公安机关报案追究其拒不执行判决、裁定罪。

3. 被执行公司的抗辩空间
   公司若主张账户内资金为特定用途（如工资、社保、税款等），需在资金入账前向法院提交《财产保全异议申请书》并附证明材料。若未提前申请，资金入账后一般视为可执行财产。但需注意：

   • 工资专用账户：根据《民事诉讼法》第二百四十三条，法院可预留必要生活费用后划扣；
     
   • 信用证开证保证金：若资金与特定信用证业务相关，法院可能暂缓划扣。

实务建议：

• 申请执行人应定期与执行法官沟通，要求法院出具《执行进展告知书》；
  
• 若发现公司有转移资金迹象，可立即申请法院冻结其关联账户或查封其他财产；
  
• 对执行程序有疑问的，可直接向我咨询具体操作细节。