结论：房贷两个月一起还但银行卡已扣款，是否算逾期需分情况讨论，以下是具体分析：

1. 银行系统正常扣款且无延迟
   若银行在约定的还款日（如每月1日）从您的银行卡中一次性扣除了两个月的房贷金额（例如因您之前未按时还款导致累计欠款），且扣款时间未超过合同约定的宽限期（如有），则不属于逾期。银行系统会以实际扣款成功时间为准，只要扣款成功且无延迟，不会产生逾期记录。

2. 银行系统扣款延迟或未全额扣款

   • 若银行因系统故障、账户余额不足等原因，未在还款日当天扣款，或仅扣除了部分金额（如仅扣一个月房贷），即使后续补扣了剩余款项，仍可能被视为逾期。因为逾期是以“未按合同约定时间足额还款”为判定标准，而非以最终补扣时间为准。
     
   • 例如：合同约定每月1日还款，但银行因系统问题1日未扣款，2日才扣款成功，此时可能已产生1天的逾期记录（具体需看合同是否约定宽限期）。

3. 合同约定“按月还款”但实际扣款方式变更
   若您的房贷合同明确约定“按月还款”（即每月需单独还款一次），但银行因您之前逾期或系统设置问题，一次性扣除了两个月款项，需以合同约定为准。若合同未允许“合并扣款”，即使银行已扣款，也可能因违反合同约定被认定为违规操作（但不一定直接导致您逾期，需结合银行实际处理方式判断）。

建议行动：

1. 立即登录银行APP或网银，查看房贷还款记录，确认扣款时间、金额是否与合同一致；
   
2. 若发现扣款异常（如延迟、未足额扣款），第一时间联系银行客服，说明情况并要求出具书面说明（避免后续产生逾期记录）；
   
3. 若已产生逾期记录，可要求银行向征信机构申请修正（需提供扣款成功的凭证）。
   

法律依据：
根据《民法典》第六百七十六条，借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或国家有关规定支付逾期利息。但“逾期”的判定需以合同约定和实际还款时间为准，银行系统问题或操作失误可能导致责任归属变化。

如有其他细节需要进一步分析（如合同条款、银行处理流程等），可直接向我咨询。