结论前置：在分居两年起诉离婚的案件中，要证明男方一直住在村里、女方住在小区里，关键在于收集能直接或间接反映双方居住情况的证据。以下从证据类型和收集方法等角度为你详细分析：
证据类型
- 居住证明类
- 居委会或村委会证明：男方可以请求所在村的村委会出具证明，证明其一直居住在村里，需注明居住的起始时间、具体地址等信息；女方可以请求小区所在的居委会出具证明，证实其居住在该小区，同样要明确居住时间和地址。这类证明具有官方性和一定的权威性，是较为直接有效的证据。
- 物业证明：如果女方居住的小区有物业管理，可要求物业公司出具证明，说明女方在该小区的居住情况，包括居住的房屋、时间等；对于男方居住的村里，若存在物业管理或类似管理机构，也可尝试获取相关证明。
- 生活痕迹类
- 水电费缴费记录：男方可以提供村里房屋的水电费缴费凭证，如缴费发票、缴费记录截图等，以证明其长期在该房屋居住并产生生活消费；女方则提供小区房屋的水电费缴费记录，体现其在小区的居住生活。缴费记录上的时间跨度可以直观反映居住时长。
- 快递收货地址记录：现在人们网购频繁，快递收货地址能在一定程度上反映居住地点。男方可以整理自己在村里地址的快递收货记录，女方提供小区地址的快递记录，这些记录可作为辅助证据证明双方的居住情况。
- 网络服务记录：如宽带缴费记录、网络使用记录等。男方若有在村里房屋使用网络的记录，可提供相关凭证；女方同理提供小区房屋的网络使用证据，进一步佐证居住事实。
- 证人证言类
- 邻居证言：男方可以找村里的邻居作证，邻居能够陈述看到男方长期在村里居住的情况，如日常出入、生活活动等；女方找小区的邻居作证，证明女方在小区的居住情况。证人最好能够出庭作证，以增强证言的可信度。
- 亲友证言：双方的亲友也可以作为证人，他们可能了解双方的居住状况，但亲友证言的证明力相对较弱，需要结合其他证据一起使用。
收集方法
- 主动沟通获取：对于居委会、村委会、物业等机构出具的证明，男方和女方可以主动与相关机构沟通，说明情况，按照机构的要求提供必要的身份信息和相关材料，申请出具证明。
- 自行整理记录：水电费缴费记录、快递收货地址记录、网络服务记录等，可以通过相关的缴费平台、快递公司官网、网络服务提供商等渠道自行查询和整理。在整理时，要注意记录的完整性和连续性，以更好地证明居住情况。
- 寻找合适证人：对于邻居和亲友等证人，要提前与他们沟通，说明需要他们作证的情况，确保他们愿意出庭作证或提供书面证言。在沟通时，要尊重证人的意愿，不要强迫或诱导证人作证。
在收集证据的过程中，要注意证据的合法性、真实性和关联性，确保证据能够被法院采纳。如果还有其他疑问，欢迎继续向我咨询。