结论前置：若起诉后被告已还清欠款但原告不撤诉，被告可通过与原告沟通、向法院提交还款证据申请终结诉讼、查询案件进展并申请法院裁定、了解法律规定及可能存在的其他纠纷、保持冷静并寻求专业帮助等步骤来应对，法院将根据实际情况作出公正裁决。

详细解答：

1. 与原告沟通

   • 主动联系并出示凭证：被告应主动联系原告，明确告知其债务已经清偿的事实，并出示还款的相关凭证，如银行转账记录、收条、微信或支付宝转账截图等，确保原告知晓并确认还款事实。
   • 了解不撤诉原因：尝试了解原告不撤诉的具体原因，可能存在误解、其他诉求未满足或原告有其他考虑等情况。通过沟通，寻求双方都能接受的解决方案。

2. 向法院提交证据并申请终结诉讼

   • 准备并提交材料：被告应收集并准备好能证明债务已清偿的证据材料，如上述提到的转账记录、收条等。将这些材料通过正规的送达方式，如法院专递邮寄或直接到法院立案窗口提交给法院。
   • 申请法院审查：向法官说明债务已经履行完毕的情况，申请法院审查并考虑终结诉讼程序。同时，保留好提交凭证，以便后续查询和确认。

3. 查询案件进展并申请法院裁定

   • 查询案件状态：被告可以拨打法院的诉讼服务热线或直接到法院立案庭、审判庭咨询，提供案件相关信息，了解案件目前的状态及法院对该案件的后续安排。
   • 申请法院裁定：如果原告经沟通后仍不配合撤诉，被告可以向法院提交书面申请，详细说明债务已清偿的事实和理由，附上还款证据，请求法院依法裁定终结诉讼程序。申请应包含申请人信息、案件基本情况、申请事项（请求终结诉讼）以及事实与理由等内容，确保格式规范、表述清晰准确。

4. 了解法律规定与法院裁决

   • 法律规定：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，民事诉讼应遵循诚信原则，且当事人有权在法律规定的范围内处分自己的民事权利和诉讼权利。宣判前，原告有权申请撤诉，但是否准许由人民法院裁定。
   • 法院裁决：法院将根据案件实际情况，包括债务是否已清偿、原告的撤诉申请是否合理等因素，作出公正的裁决。如果法院认为撤诉申请符合法律规定和案件实际情况，将裁定准予撤诉；否则，将裁定不准许撤诉。

5. 注意可能存在的其他纠纷

   • 审查诉讼请求和理由：尽管欠款已经还清，但原告未撤诉可能意味着双方之间还存在其他纠纷或争议。因此，被告需要仔细审查原告的诉讼请求和理由，以便更好地应对可能的纠纷。
   • 预防后续纠纷：为预防后续纠纷，双方可协商签订和解协议，明确欠款已还清、原告同意撤诉及双方对此次纠纷再无其他争议等内容。和解协议需双方签字或盖章确认，必要时可请第三方见证，增强协议的法律效力。

6. 保持冷静与寻求专业帮助

   • 保持冷静：面对原告不撤诉的情况，被告应保持冷静，采取合适的措施来解决问题，并尊重法律程序和法院的裁决。
   • 寻求专业帮助：如果对法律程序或自身权益保护存在疑问，被告可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供更具体的法律建议。

总结：在起诉后被告已还清欠款但原告不撤诉的情况下，被告应通过与原告沟通、向法院提交证据申请终结诉讼、查询案件进展并申请法院裁定、了解法律规定及可能存在的其他纠纷、保持冷静并寻求专业帮助等步骤来应对。法院将根据实际情况作出公正裁决，确保双方的合法权益得到妥善维护。