在合同纠纷中，合同正文内容和补充协议内容的优先级问题，通常遵循以下原则：
补充协议优先原则：
- 法律基础：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人双方在合同履行过程中，如果就合同内容进行了补充约定，且该补充约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该补充约定应当视为合同的一部分，与原合同具有同等法律效力。在补充协议与原合同正文内容存在冲突时，一般应以补充协议的内容为准。
- 实践应用：在实际操作中，补充协议往往是为了对原合同中的某些条款进行细化、修改或补充而签订的。因此，当补充协议与原合同正文内容不一致时，法院或仲裁机构在裁决时，通常会优先考虑补充协议的内容，以体现当事人双方最新的真实意思表示。
特殊情况下的处理原则：
- 恶意串通损害第三方利益：如果补充协议的签订存在恶意串通，损害国家、集体或第三人利益的情况，那么该补充协议将被认定为无效，此时应以原合同正文内容为准。
- 违反法律强制性规定：如果补充协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该部分内容也将被认定为无效，不影响原合同正文其他部分的效力。
- 格式条款的特殊处理：如果原合同正文中的某些条款属于格式条款，且补充协议对格式条款进行了修改或补充，那么在判断优先级时，应特别注意格式条款的提供方是否尽到了提示或说明义务。如果未尽到相应义务，且补充协议的内容对格式条款进行了不利修改，那么该修改可能不被认可，仍以原格式条款为准（但此情况需结合具体案情和法律规定综合判断）。
建议与注意事项：
- 明确约定：为了避免合同纠纷，当事人在签订补充协议时，应明确约定补充协议与原合同正文内容的优先级关系，以及冲突解决机制。
- 审查合法性：在签订补充协议前，当事人应仔细审查补充协议的内容，确保其不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 保留证据：在合同履行过程中，当事人应妥善保管与合同相关的所有证据，包括原合同、补充协议、往来函件、付款凭证等，以便在发生纠纷时能够提供充分的证据支持自己的主张。
总结来说，在合同纠纷中，合同正文内容和补充协议内容的优先级问题，一般应以补充协议为准，但需注意特殊情况下的处理原则。如果遇到复杂的合同纠纷问题，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。