面包车运摩托车是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法运输的情况
符合车辆载货规定：
- 如果面包车经过合法改装，且改装后的车辆符合道路交通安全法规对于载货车辆的要求（如车辆结构、载重限制等），同时摩托车被妥善固定，不超出车辆载货空间，且不影响驾驶视线和车辆操控性，那么这种运输方式在理论上是可行的。但需注意，面包车作为客车，其设计初衷并非用于载货，因此改装和载货均需严格遵守相关法规，否则可能面临处罚。
特殊运输需求：
- 在某些特殊情况下，如摩托车因故障需要拖运至修理厂，且使用专业拖车不现实时，使用面包车进行短途、安全的拖运可能被视为合理。但这种情况下，应确保摩托车被牢固固定，且驾驶过程中严格遵守交通规则，确保安全。
二、非法运输的情况
违反车辆载货规定：
- 如果面包车未经过合法改装，或者改装后不符合载货车辆的要求，或者摩托车未被妥善固定，超出车辆载货空间，影响驾驶视线和车辆操控性，那么这种运输方式就是违法的。根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，客车违规载货可能面临罚款、扣分等处罚。
超载或超限：
- 如果面包车运输的摩托车数量过多，导致车辆超载或超限（如长度、宽度、高度超过规定限制），那么这种运输方式也是违法的。超载或超限不仅可能面临交通管理部门的处罚，还可能对道路交通安全造成严重威胁。
未取得相关运输资质：
- 如果面包车用于商业运输摩托车，且未取得相应的道路运输经营许可证等资质，那么这种运输方式也是违法的。根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关规定，未经许可擅自从事道路运输经营的，将面临严厉的处罚。
三、法律建议
遵守交通法规：
- 在使用面包车运输摩托车时，务必遵守交通法规，确保车辆改装合法、载货符合规定、不超载不超限，并取得必要的运输资质（如涉及商业运输）。
确保安全：
- 无论何种情况，都应确保摩托车被牢固固定在面包车内，避免在行驶过程中发生滑动或掉落等危险情况。同时，驾驶过程中应严格遵守交通规则，确保行车安全。
咨询专业意见：
- 如果您对面包车运输摩托车的合法性存在疑问，或者需要了解具体的改装和载货要求，建议咨询当地交通管理部门或专业律师的意见，以确保您的运输行为合法合规。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。