刑事诉讼法第十六条主要规定了不追究刑事责任的情形，这些情形的适用时间主要是在刑事诉讼的各个阶段，具体来说，包括立案阶段、侦查阶段、审查起诉阶段以及审判阶段。以下是对该条款适用时间的详细分析：

1. 立案阶段：

   • 在公安机关、人民检察院或者人民法院对案件进行立案审查时，如果发现案件符合刑事诉讼法第十六条规定的情形之一，如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，或者犯罪已过追诉时效期限的等，那么就不应当立案，从而不追究刑事责任。这是该条款在立案阶段的适用。

2. 侦查阶段：

   • 在侦查过程中，如果侦查机关发现案件存在刑事诉讼法第十六条规定的情形，如犯罪嫌疑人死亡、或者经特赦令免除刑罚的等，那么侦查机关应当撤销案件，终止侦查，不再追究犯罪嫌疑人的刑事责任。这是该条款在侦查阶段的适用。

3. 审查起诉阶段：

   • 在人民检察院对案件进行审查起诉时，如果发现案件符合刑事诉讼法第十六条规定的情形，如犯罪嫌疑人、被告人死亡的，或者依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的等，那么人民检察院应当作出不起诉的决定，不再将案件提起公诉。这是该条款在审查起诉阶段的适用。

4. 审判阶段：

   • 在人民法院对案件进行审判时，如果发现案件存在刑事诉讼法第十六条规定的情形，如被告人死亡的，或者案件已经经过特赦令免除刑罚等，那么人民法院应当终止审理，不再对被告人进行刑事审判。此外，如果案件在审判过程中发现被告人不构成犯罪或者犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，虽然这不一定直接对应刑事诉讼法第十六条的具体情形，但也会基于类似的法律原则和逻辑，导致审判的终止或者宣告无罪。不过，严格来说，后者更多是基于刑法和刑事诉讼法的其他条款以及审判实践中的具体判断。但就刑事诉讼法第十六条本身而言，其在审判阶段的直接适用主要是针对被告人死亡等特定情形。

总结来说，刑事诉讼法第十六条规定的情形在刑事诉讼的各个阶段都有可能适用，具体取决于案件的具体情况和进展。一旦发现案件符合该条款规定的情形，相应的司法机关就应当根据法律规定，不立案、撤销案件、不起诉或者终止审理，从而不再追究相关人员的刑事责任。

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