公司因偷税漏税申请破产时，需依法承担税务责任并遵循破产清算程序，具体处理方式如下：

1. 税务责任与追缴
   根据《税收征收管理法》第六十三条，偷税行为需补缴税款、滞纳金，并处偷税金额50%至5倍的罚款。若公司已进入破产程序，税务机关将作为债权人向破产管理人申报债权，优先于普通债权受偿。若公司财产不足以清偿全部债务，税务机关可依法参与剩余财产分配。

2. 破产清算程序中的税务处理

   • 破产管理人职责：需在接管公司后15日内向税务机关报告财产状况，并配合税务核查。
     
   • 债权申报期限：税务机关需在法院公告的债权申报期内（通常为30日至3个月）申报债权，逾期视为放弃。
     
   • 清偿顺序：根据《企业破产法》，破产财产优先清偿破产费用和共益债务后，按“职工债权→社保债权→税收债权→普通债权”顺序清偿。若公司存在偷税罚款，罚款部分属于普通债权，清偿顺序靠后。

3. 刑事责任风险
   若偷税行为构成犯罪（如逃税罪），公司直接负责的主管人员和其他责任人员可能面临刑事处罚（《刑法》第二百零一条）。即使公司破产，刑事责任不因破产而免除，但个人财产与破产公司财产独立，刑事罚金需由个人承担。

4. 破产程序终结后的税务注销
   破产程序终结后，管理人需持法院终结裁定书向税务机关办理税务注销。若存在未清偿的税收债权，税务机关可依据《税收征收管理法》要求管理人继续清偿，但实践中通常以破产财产分配结果为准。

建议行动步骤：

1. 立即委托会计师事务所进行税务合规审查，明确偷税金额及法律责任；
   
2. 与税务机关沟通，争取分期缴纳或减免滞纳金/罚款（需符合《税收征收管理法》第五十二条规定的“不可抗力”等情形）；
   
3. 在破产程序中主动申报税务债权，避免程序瑕疵；
   
4. 若涉及刑事风险，提前咨询刑事律师制定应对方案。
   

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