关于违法用地完善用地报批手续后是否能向政府申请退还其向农户购买农用地的费用，结论是：一般情况下，不能直接向政府申请退还购买费用，但具体还需根据实际情况和法律法规综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、违法用地的法律性质与后果
违法用地的定义：违法用地通常指的是未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地进行建设或其他活动的行为。这种行为违反了《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规的规定。
法律后果：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，违法用地者可能面临责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状、没收非法所得、罚款等法律责任。同时，对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，还可能依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
二、完善用地报批手续的意义与限制
完善手续的意义：完善用地报批手续是违法用地者纠正违法行为、使土地使用合法化的一种途径。通过补办相关手续，可以使得原本违法的用地行为变得合法，从而避免进一步的法律处罚。
手续完善的限制：然而，完善用地报批手续并不意味着违法用地者可以完全免除之前的违法责任。特别是关于向农户购买农用地的费用问题，这通常属于民事法律关系范畴，与土地使用的合法性是两个独立的问题。
三、关于退还购买费用的分析
合同关系：如果违法用地者与农户之间存在关于农用地购买的合同关系，那么该合同的效力、履行及违约责任等应依据《中华人民共和国民法典》等相关民事法律法规进行判断。如果合同被认定为无效或可撤销，那么违法用地者可能无法依据合同要求农户退还购买费用；反之，如果合同有效且农户存在违约行为，违法用地者则有权要求农户承担违约责任。
政府角色：政府在违法用地处理中主要扮演监管和处罚的角色，而不是直接参与民事纠纷的调解或裁决。因此，违法用地者通常不能直接向政府申请退还其向农户购买农用地的费用。政府可能会根据违法用地的具体情况和法律法规的规定，对违法用地者进行处罚或要求其承担相应的法律责任，但这并不直接涉及购买费用的退还问题。
特殊情况：在某些特殊情况下，如政府为了公共利益需要征收土地并给予补偿时，如果违法用地者的土地被纳入征收范围，那么其可能有机会获得相应的补偿。但这种情况下的补偿与退还购买费用是两个不同的概念，且需要满足特定的条件和程序。
四、建议与措施
咨询专业法律意见：针对具体案件情况，建议违法用地者咨询专业律师以获取更准确的法律意见和指导。律师可以根据案件的具体情况、相关法律法规及司法实践等因素进行综合分析判断，并为违法用地者提供合理的解决方案。
积极配合政府处理：在违法用地处理过程中，违法用地者应积极配合政府的工作和要求，如实提供相关资料和信息，并按照规定的时间和要求完成整改或补办手续等工作。这有助于减轻或避免进一步的法律处罚和损失。
妥善处理民事纠纷：如果违法用地者与农户之间存在民事纠纷（如购买费用退还问题），建议双方通过协商、调解或诉讼等合法途径解决争议。在处理民事纠纷时，应遵循公平、公正、合法的原则，并尊重对方的合法权益和诉求。
综上所述，违法用地完善用地报批手续后一般不能直接向政府申请退还其向农户购买农用地的费用。但具体还需根据实际情况和法律法规综合判断，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见和指导。