重大责任事故罪由公安机关立案。以下是对这一问题的详细解析：
一、立案主体
重大责任事故罪属于刑事案件范畴，根据我国刑事诉讼法的相关规定，刑事案件的立案工作由公安机关负责。因此，当发生重大责任事故，且符合立案标准时，应由公安机关依法进行立案追诉。
二、立案标准
根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》的相关规定，重大责任事故罪的立案标准主要包括以下几种情形：
人员伤亡：造成死亡一人以上，或者重伤三人以上。这意味着，在生产、作业过程中，若因违反安全管理规定导致一人死亡或三人及以上重伤，即达到立案标准。
经济损失：
其他严重后果：指除上述两种情况外，其他由违反安全管理规定导致的严重后果。例如，事故导致重要公共设施无法运行，影响城市供水、供电等基本民生保障，或对公共安全、生态环境等构成重大威胁的情况。
三、立案流程
报案：事故现场人员（如工人、管理人员）、受害者及其家属、发现事故的第三人等均可向公安机关报案。报案内容应尽可能详细地提供事故发生的时间、地点、经过、伤亡情况及可能涉及的责任人员等信息。单位内部发现事故可能构成犯罪的，单位也可向公安机关报告。
受案：公安机关对报案材料进行初步审查，判断案件是否属于本机关管辖及是否符合重大责任事故罪的初步特征。符合条件的，予以受理；不符合条件的，告知报案人向有管辖权的机关报案。
初查：公安机关受理案件后，会进行初步调查，核实报案内容的真实性和可靠性。调查手段可能包括询问相关证人、收集现场证据、查看生产作业记录等。目的在于确定是否存在违反安全管理规定的行为及是否造成了符合立案标准的后果。
立案决定：经过初查，若认为有犯罪事实需要追究刑事责任且属于自己管辖的，公安机关应制作《立案决定书》，经县级以上公安机关负责人批准后立案。若认为没有犯罪事实、犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任或有其他依法不追究刑事责任情形的，经县级以上公安机关负责人批准后不予立案。对于有控告人的案件，决定不予立案的，公安机关应制作《不予立案通知书》，并在三日以内送达控告人。控告人对不予立案决定不服的，可在收到《不予立案通知书》后七日以内向作出决定的公安机关申请复议。
四、责任主体
重大责任事故罪主要追究在生产、作业过程中因违反安全管理规定或管理不当，导致重大伤亡事故或其他严重后果的相关人员的刑事责任。这包括直接从事生产、作业的人员以及对生产、作业负有组织、指挥、管理职责的负责人、管理人员、实际控制人、投资人等。
五、法律建议
加强安全生产意识：企业和个人应严格遵守安全管理规定，加强安全生产意识，确保生产作业的安全进行。
建立健全安全管理制度：企业应建立健全安全管理制度，明确各级人员的安全职责，加强安全培训和演练，提高应对突发事件的能力。
及时报案并配合调查：一旦发生重大责任事故，应立即向公安机关报案，并积极配合公安机关的调查工作，提供真实、准确的证据和信息。
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