公司归还个人款项后，款项是否可以自由支配需分情况讨论，具体如下：

1. 款项性质为借款归还
   若公司归还的是此前向个人借入的款项（需有借款合同、转账记录等证据），则款项归还后，个人作为债权人取得资金所有权，可自由支配。但需注意：

   • 若借款时约定了资金用途（如专项借款），归还后个人无需受原约定限制；
     
   • 若涉及税务问题（如借款利息收入），需依法申报纳税。

2. 款项性质为业务往来结算
   若款项是公司向个人支付的业务款（如劳务费、采购款等），需区分两种情形：

   • 个人已履行义务：如个人已完成劳务或交付货物，公司支付款项后，个人可自由支配；
     
   • 个人未履行义务：若公司误付或提前支付，个人可能构成不当得利，公司有权要求返还，此时个人无权自由支配。

3. 款项性质涉及违法或违规
   若款项来源或用途违法（如公司通过个人账户走账逃避税务、洗钱等），即使公司已归还，个人仍可能面临法律风险（如被认定为共犯、行政处罚等），此时“自由支配”可能涉及刑事或行政责任。

建议：

• 保留款项往来的书面证据（合同、转账记录、沟通记录等），以证明款项性质；
  
• 若对款项性质存疑，可要求公司出具书面说明（如《还款确认书》）；
  
• 避免将个人账户用于公司经营，防止混同风险。
  

如有具体场景或证据材料，可进一步向我说明，我会结合细节为您分析。