当小股东发现大股东存在侵权行为，损害了公司利益时，确实可以通过法律途径来维护公司和自身的合法权益。以下是一个详细、清晰的解答流程，帮助您了解如何提起诉讼赔偿：
一、法律依据与前提
首先，要明确的是，我国《公司法》为小股东提供了明确的法律支撑。特别是《公司法》第二十一条和第一百八十九条，规定了股东不得滥用权利损害公司或其他股东利益，以及在特定条件下，小股东有权为公司利益以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。
二、起诉前的准备
收集证据：
- 这是起诉成功的关键一步。小股东需要尽可能收集能够证明大股东损害公司利益的相关证据。这些证据可以包括财务报告、交易记录、会议记录（如董事会决议、股东大会记录）、电子邮件、短信通知等。任何能证明大股东存在不当行为并给公司造成损失的材料，都应作为关键证据进行收集和保存。
书面请求监事会或董事会：
- 在提起诉讼前，小股东应先尝试向公司监事会或董事会提出书面请求，要求其提起诉讼。请求中应详细说明大股东损害公司利益的事实、提供的证据以及要求提起诉讼的具体诉求。送达方式需确保有效性，如邮寄（保留邮寄凭证）或直接递交并要求签收。
三、确定诉讼主体与管辖法院
诉讼主体：
- 如果监事会或董事会同意起诉，小股东可以作为支持诉讼的一方参与。如果它们拒绝起诉或怠于起诉（即收到请求后30日内未提起诉讼），则小股东有权以自己的名义直接向人民法院提起股东代表诉讼。
管辖法院：
- 股东代表诉讼一般由公司住所地人民法院管辖。公司住所地指公司主要办事机构所在地；若主要办事机构所在地不明确，则由注册地人民法院管辖。
四、准备诉讼材料与立案
诉讼材料准备：
- 起诉状：需要详细记明原告（小股东）和被告（大股东）的基本信息、诉讼请求及所依据的事实与理由。具体阐述大股东损害公司利益的行为及其造成的损失。
- 证据材料：包括证明股东资格的证据（如公司章程、股东名册、出资证明书、股票等）、证明大股东损害公司利益的证据，以及已履行前置程序的证据（书面请求函、邮寄凭证、签收记录等）。
提交与立案：
- 将准备好的诉讼材料提交给有管辖权的人民法院，并等待法院的审查。符合立案条件的，法院将受理案件并通知原告缴纳诉讼费用。
五、参与庭审与判决执行
参与庭审：
- 案件受理后，小股东作为原告需积极参与庭审过程，包括开庭审理、举证质证、辩论等环节。充分陈述自己的主张，并提供证据支持。
判决执行：
- 胜诉：如果法院判决大股东败诉，大股东需承担相应的法律责任，如赔偿公司损失等。小股东可以督促公司申请执行，如果大股东不履行判决，公司可以向法院申请强制执行。
- 败诉：如果小股东败诉，可能需要承担诉讼费用等相关费用。此时，小股东应对败诉原因进行分析，如有异议可以在规定期限内向上一级人民法院提起上诉。
六、专业咨询与建议
在整个诉讼过程中，鉴于公司法和商业诉讼案件的复杂性，我建议您咨询专业的律师以获取更具体的法律建议和帮助。律师可以协助您准备诉讼材料、参与庭审过程，并确保您的合法权益得到有效维护。
总之，当小股东认为大股东损害公司利益时，可以通过依法收集证据、履行前置程序、撰写并提交诉状、参与庭审等步骤来维护公司和自身的合法权益。希望这个解答能够帮助您更好地了解整个诉讼流程，并在必要时采取行动。