针对医疗设备报废已销毁且无法提供发票、注册证等合法手续的情况，可能面临以下处罚及法律分析：

1. 行政处罚风险
   根据《医疗器械监督管理条例》第八十四条，使用无合格证明文件、过期、失效、淘汰的医疗器械，或未依法办理医疗器械注册登记事项变更的，由县级以上人民政府药品监督管理部门责令改正，没收违法使用的医疗器械；货值金额不足1万元的，并处2万元以上5万元以下罚款；货值金额1万元以上的，并处货值金额5倍以上20倍以下罚款。

   • 关键点：即使设备已销毁，若无法证明其合法来源（如发票、注册证），监管部门可能推定设备属于“无合格证明文件”或“未依法注册”的情形，从而启动处罚程序。
     
   • 例外情形：若能通过其他证据（如采购合同、物流记录、设备使用记录等）证明设备曾合法购入且已报废销毁，可能减轻或免除处罚，但举证责任在当事人。

2. 刑事责任风险（极端情形）
   若设备涉及重大医疗事故或故意使用非法设备牟利，可能触犯《刑法》第一百四十五条“生产、销售不符合标准的医用器材罪”。但本案中设备已销毁，刑事风险较低，除非存在其他关联违法行为（如伪造文件、隐瞒事故等）。

3. 合规建议

   • 立即整改：联系原供应商或生产厂家补办注册证、发票等文件（若设备未完全灭失或可追溯）；若无法补办，需向监管部门提交书面说明，附销毁证明（如照片、视频、第三方见证记录）及设备来源的初步证据。
     
   • 主动报告：向当地药品监督管理部门提交《医疗器械自查报告》，说明设备报废原因、销毁过程及无法提供文件的具体情况，争取从轻处理。
     
   • 完善制度：建立医疗器械全生命周期管理制度，包括采购、使用、报废、销毁等环节的书面记录，避免类似风险。

总结：核心处罚依据为《医疗器械监督管理条例》第八十四条，处罚力度与设备货值金额直接相关。建议优先通过补办文件或主动报告降低风险，同时完善内部合规流程。如有进一步疑问，可直接向我咨询医疗法律实务问题。