若当事人对拍卖房产的评估公司有异议，可按以下步骤处理：

1. 及时提出书面异议
   根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第六条，当事人或其他利害关系人应在收到评估报告后10日内以书面形式向法院提出异议。异议内容需明确具体，例如：

   • 评估方法错误（如未采用市场比较法、收益法等法定方法）；
     
   • 评估参数不合理（如折旧率、租金收益等数据失实）；
     
   • 评估程序违法（如未实地勘查、未通知当事人到场等）。
     提示：逾期提出异议可能被法院驳回，需严格把握时间节点。

2. 法院审查与处理
   法院收到异议后，会要求评估公司书面答复。若异议成立，法院可能：

   • 要求评估公司重新评估；
     
   • 委托其他评估机构另行评估；
     
   • 直接调整评估结果（如评估公司存在明显错误）。
     关键点：法院审查以“程序合法性”和“方法合理性”为核心，不涉及实体价值争议。

3. 对审查结果不服的救济途径
   若当事人对法院处理结果仍有异议，可：

   • 申请复议：向上一级法院提出复议申请（需在收到处理结果后10日内）；
     
   • 提出执行异议之诉：若认为评估结果直接影响其权益（如拍卖价格过低导致债权无法清偿），可在拍卖成交前以“案外人异议”或“申请执行人异议”为由提起诉讼。
     注意：复议与诉讼程序不同，需根据具体情形选择，建议结合案件阶段咨询专业律师。

4. 特殊情形处理

   • 评估公司违规操作：若评估公司存在与一方当事人串通、虚假评估等行为，可向当地房地产评估行业协会投诉，或向公安机关报案追究刑事责任；
     
   • 评估报告过期：若评估报告超过有效期（通常为1年），当事人可要求法院重新评估，避免因市场波动导致价值失真。

总结建议：异议处理需以“证据充分、程序合规”为前提，建议当事人提前收集评估报告中的瑕疵证据（如对比周边房价、同类房产评估案例等），并在律师协助下撰写异议书，以提高异议成功率。若涉及复杂争议，可进一步向我咨询具体操作方案。