要判断对方是否在文件上盖了公章，可以通过以下几种方法进行识别和验证：
一、直观识别法
观察印章编码：
- 每枚公章的章面上都刻有13位阿拉伯数字的编码，这个编码具有全国统一性和唯一性，类似于公民的身份号码。通过检查这个编码，可以初步判断印章的真实性和合法性。
查看网纹线：
- 公章上通常会有像人指纹一样不规则的网纹线，这是印章制作过程中的一种防伪措施。通过仔细观察这些网纹线，可以进一步确认印章的真伪。
检查印章字体：
- 根据国发(1999)25号文件的要求，公章上使用的字体应为国务院公布的简化字，除发票专用章为仿宋体外，其他公章均为宋体。如果印章上的字体不符合这一规定，那么该印章可能存在问题。
查看准刻证：
- 凡经公安机关备案的印章，公安机关会出具盖有印章管理专用章的准刻证。通过检查这个准刻证，可以确认印章是否已经在公安机关进行了备案。
二、备案证明验证法
- 查看备案刻制证明：
- 凡在公安机关备案的印章，都是由获得资质的刻制企业制作并出具的备案刻制证明。这个证明是印章合法性的重要依据之一。如果对方能够提供这个证明，那么可以进一步确认印章的真实性和合法性。
三、专业鉴定法（如需更精确的验证）
- 印章印文鉴定：
- 如果对印章的真实性存在严重疑问，或者需要作为法律证据使用，那么可以考虑进行印章印文鉴定。这是一种物证类鉴定中的文书鉴定方法，通过比较检材（即需要鉴定的文件上的印章）与样本（即已知真实性的印章）的印文特征，来判断它们是否出自于同一枚印章。这种鉴定方法需要由专业的鉴定机构进行，并出具相应的鉴定报告。
四、其他辅助验证方法
观察印章颜色和油墨：
- 真实的公章通常使用特定的印泥或印油，颜色鲜艳且均匀。如果印章颜色暗淡、不均匀或者有褪色现象，那么可能存在问题。
检查印章位置和清晰度：
- 公章通常盖在文件的特定位置，如落款处或指定位置。如果印章位置不正确或者模糊不清，那么也可能存在问题。
综上所述，要判断对方是否在文件上盖了公章，可以通过直观识别法、备案证明验证法、专业鉴定法以及其他辅助验证方法进行综合判断。如果条件允许，建议优先选择直观识别法和备案证明验证法进行初步判断；如果需要更精确的验证或者作为法律证据使用，则可以考虑进行印章印文鉴定。