在组织卖淫案件中，若情节严重且涉及100万，这一数额通常指的是违法所得，而非单纯的非法获利，但具体还需结合案件细节和司法实践来判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、违法所得与非法获利的区别
违法所得：指的是行为人通过实施违法行为所获得的全部收入，包括成本在内的所有收益。在组织卖淫案件中，违法所得通常包括卖淫人员提供的性服务所收取的全部费用，以及组织者可能从中抽取的提成或管理费等。
非法获利：则更侧重于行为人通过违法行为所获得的纯利润，即扣除成本后的收益。在组织卖淫案件中，非法获利可能指的是组织者实际获得的净收入，不包括其支付给卖淫人员的费用或其他相关成本。
二、组织卖淫案件中情节严重的认定
根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，组织卖淫罪情节严重的情形包括但不限于：组织他人卖淫，情节严重的；强迫他人卖淫的；组织、强迫未成年人卖淫的；多次组织他人卖淫的；组织多人多次卖淫的；造成被组织卖淫的人受到严重伤害的；阻碍对卖淫嫖娼活动进行查处的等。其中，违法所得数额巨大也是认定情节严重的一个重要因素。
三、100万数额的认定
若认定为违法所得：在组织卖淫案件中，如果组织者通过组织卖淫活动获得了100万的全部收入（包括成本在内的所有收益），且这一数额被认定为情节严重，那么组织者将面临更严厉的刑事处罚。根据《刑法》第三百五十八条的规定，组织卖淫罪情节严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
若认定为非法获利：虽然理论上非法获利是扣除成本后的纯利润，但在司法实践中，由于组织卖淫活动的成本往往难以准确核算，且组织者可能通过多种方式隐瞒或转移成本，因此法院在认定非法获利时可能会采用一定的估算方法。然而，在大多数情况下，如果组织卖淫活动的总收入（即违法所得）达到100万，且被认定为情节严重，那么即使扣除成本后的非法获利数额低于100万，组织者也可能面临严厉的刑事处罚。不过，具体处罚还会受到其他因素的影响，如组织者的犯罪手段、犯罪次数、对社会的危害程度等。
四、司法实践中的考量
在司法实践中，法院在认定组织卖淫案件的情节严重时，会综合考虑多种因素，包括违法所得或非法获利的数额、组织卖淫的次数和人数、对社会的危害程度等。因此，即使两个案件的违法所得或非法获利数额相同，但由于其他情节的不同，法院也可能作出不同的判决。
总结来说，在组织卖淫案件中，若情节严重且涉及100万，这一数额更可能指的是违法所得。但无论这一数额是违法所得还是非法获利，只要被认定为情节严重，组织者都将面临严厉的刑事处罚。如果您或您身边的人涉及此类案件，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。