结论前置：小区违规搭建的管理涉及多个部门，主要包括城乡规划主管部门（自然资源部门/规划部门）、城市管理部门（综合执法局/城管）、住房和城乡建设部门以及乡镇人民政府或街道办事处。具体由哪个部门来处理，取决于违规搭建的具体情况、所在地区的相关规定以及违建行为对他人合法权益的影响。
详细分析：
城乡规划主管部门（自然资源部门/规划部门）
- 主要职责：该部门是违规搭建管理的主要责任部门，负责对土地利用和城乡规划的管理和监督。对于违反土地利用总体规划和城乡规划的建设行为，该部门有权进行认定和处理。
- 适用情况：如果违规搭建行为涉及改变土地用途、未按照规划许可进行建设，如在耕地上违规搭建建筑物、在规划为绿地的土地上搭建房屋等，那么城乡规划主管部门将是主要的处理部门。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条和第六十五条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，以及在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，均由城乡规划主管部门负责处理。
城市管理部门（综合执法局/城管）
- 主要职责：城市管理部门集中行使城市规划管理方面的行政处罚权，负责查处和监管违反城市规划的建设行为。在城市建成区内，该部门是处理违规搭建问题的主要执法力量。
- 适用情况：对于城市区域内未经规划许可进行的临时或永久性建筑物、构筑物搭建，如街道两旁私自搭建的简易棚屋、占用公共通道搭建的摊位等，这些行为影响城市容貌、环境卫生和公共秩序，城市管理部门将负责处理。
- 实际操作：根据《城市管理执法办法》第八条，城管部门拥有住房城乡建设领域法律法规规章规定的行政处罚权，有权对违反城乡规划建设相关法规的违章搭建进行管理。
住房和城乡建设部门
- 主要职责：住房和城乡建设部门对建筑工程的建设活动进行监督管理，确保建筑工程符合相关的建筑质量、安全和规划要求。
- 适用情况：如果违规搭建行为主要针对规模较大、涉及建筑工程施工的，如未取得施工许可证就开始建设的多层或高层建筑，那么住房和城乡建设部门将负责处理。
乡镇人民政府或街道办事处
- 主要职责：乡镇人民政府或街道办事处在其辖区内对各类建设活动进行日常巡查和监督管理，对于发现的违规搭建行为有权进行制止和处理。
- 适用情况：对于农村地区或城市街道社区内的小规模违规搭建行为，如村民在宅基地上违规扩建房屋、居民在小区内私自搭建雨棚等，乡镇人民政府或街道办事处通常会首先介入进行管理和协调。
- 实际操作：部分地区通过地方立法赋予街道办事处对辖区内违章搭建的管理职责，负责查处未依法取得建设工程规划许可证等违法建设行为。
法律诉讼途径
- 适用情况：如果邻居的违建行为侵犯了自己的合法权益，除了向相关政府部门投诉外，还可以向法院提起民事诉讼，要求对方排除妨碍、恢复原状等。这是一种保护自身权益的有效手段。
总结与建议：
在处理小区违规搭建问题时，建议首先明确违规搭建的具体情况，包括搭建的位置、规模、是否涉及改变土地用途等。然后，根据具体情况向相应的部门进行投诉或举报。如果违建行为侵犯了自身的合法权益，还可以通过法律途径来维护自己的权益。同时，也建议居民积极参与小区环境治理，共同维护良好的居住环境。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。