在甲方要求乙方在基础梁上打孔并出现问题的情境下，责任归属需根据具体情况来判定，以下是一些可能的情况分析：
若甲方指令合法且乙方施工合规：
- 如果甲方要求在基础梁上打孔是基于合法的设计变更或工程需要，并且乙方按照相关施工规范和安全标准进行了操作，但问题仍然出现（如因地质条件、材料问题等不可预见因素导致），那么责任可能不由乙方单独承担，或者需根据具体原因进一步划分责任。这种情况下，可能需要通过专业鉴定来确定问题的根源，并据此分配责任。
若甲方指令违法或存在过错：
- 如果甲方要求在基础梁上打孔违反了相关法律法规、建筑规范或设计要求，或者甲方未提供必要的施工条件、安全保障措施，导致乙方在施工过程中出现问题，那么甲方应承担主要责任。例如，甲方可能因未进行充分的地质勘察或设计审查，而要求乙方在不适宜的位置打孔，从而引发结构安全问题。
若乙方施工存在过错：
- 如果乙方在施工过程中未按照甲方要求、施工规范或安全标准进行操作，如打孔位置偏差、打孔深度不足或过度、未采取必要的安全防护措施等，导致出现问题，那么乙方应承担相应责任。乙方作为施工方，有责任确保施工质量和安全，遵守相关法律法规和施工规范。
若双方均有过错：
- 在某些情况下，甲方和乙方可能均存在过错。例如，甲方可能提供了不合理的指令，而乙方在施工过程中也未尽到足够的注意义务。这种情况下，责任可能需要根据双方的过错程度进行分担。
法律建议：
- 收集证据：在发生问题后，双方应尽快收集相关证据，包括施工图纸、变更通知、施工记录、现场照片、视频等，以便在后续的责任划分中提供有力支持。
- 专业鉴定：如果问题复杂或双方对责任归属存在争议，可以委托专业机构进行鉴定，以确定问题的根源和责任分配。
- 协商解决：在责任明确后，双方应首先尝试通过协商解决争议，以减少诉讼成本和时间。
- 法律途径：如果协商无果，双方可以通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。
可能后果：
- 如果责任主要在甲方，甲方可能需要承担修复费用、赔偿乙方损失等责任。
- 如果责任主要在乙方，乙方可能需要承担修复费用、赔偿甲方损失、接受行政处罚等责任。
- 如果双方均有过错，责任可能根据过错程度进行分担。
总之，在甲方要求乙方在基础梁上打孔并出现问题的情境下，责任归属需根据具体情况来判定。双方应积极收集证据、寻求专业鉴定，并尝试通过协商解决争议。如有需要，可以向我进一步咨询相关法律问题。