关于“破坏耕种条件由哪个认定机构负责”的问题，我可以明确告知您，这主要由市（地）级或省级自然资源主管部门负责，他们可以根据实际情况出具认定意见。以下是对此问题的详细解答：

1. 认定机构：

   • 根据《自然资源违法行为立案查处工作规程》，涉及耕地破坏程度认定或者鉴定的，由市（地）级或省级自然资源主管部门组织实施，并根据实际情况出具认定意见。
   • 也可以委托具有法定资质的机构出具鉴定意见；若没有具有法定资质的机构，则可以委托其他具备条件的机构出具鉴定意见。

2. 认定与鉴定的情形：

   • 对于建筑物或构筑物已经形成、地基施工基本完毕、基坑已开挖或基础桩已基本完成施工等明显造成土壤耕作层破坏且不具有争议的情况，省级或市（地）级自然资源主管部门可以直接依据现场照片、录像等客观证据，或者组织认定委员会专家论证，认定耕地种植条件严重破坏，并出具相关行政认定意见。
   • 对于耕地破坏程度有争议、涉及关键专门性问题的情况，则可以委托从事耕地破坏程度鉴定相关业务的鉴定机构进行鉴定，并提供司法鉴定意见。

3. 法律依据：

   • 这一流程与规定在《自然资源违法行为立案查处工作规程》以及相关法律法规中均有明确体现，如《中华人民共和国刑法》第三百四十二条关于非法占用耕地罪的规定，以及《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》等。

综上所述，破坏耕种条件的认定主要由市（地）级或省级自然资源主管部门负责。如果您遇到相关问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会尽力为您提供专业的法律帮助。