在合同纠纷中，被告支付的滞纳金通常是给原告的，而非法院。以下是对此问题的详细分析：

一、滞纳金的基本性质

滞纳金，通常是在合同中约定的一种违约责任形式，用于惩罚违约方并补偿守约方因违约行为所遭受的损失。它并非法院收取的费用，而是合同双方约定的，由违约方支付给守约方的款项。

二、滞纳金与法院的关系

1. 法院不直接收取滞纳金：法院在合同纠纷中主要扮演裁判者的角色，负责审理案件并作出判决。它不会直接收取或管理滞纳金。
2. 法院可能确认滞纳金的支付：在合同纠纷案件中，如果法院认定被告存在违约行为，并且合同中明确约定了滞纳金的支付条款，那么法院可能会在判决中确认被告需要向原告支付滞纳金。但这一支付行为是被告直接向原告进行的，而非通过法院。

三、滞纳金的实际支付流程

1. 合同约定：首先，合同中需要明确约定滞纳金的支付条款，包括滞纳金的计算方式、支付时间等。
2. 违约发生：当被告出现违约行为时，原告有权根据合同约定要求被告支付滞纳金。
3. 协商或诉讼：双方可以首先尝试通过协商解决滞纳金支付问题。如果协商不成，原告可以向法院提起诉讼，要求法院确认被告的违约行为并判决被告支付滞纳金。
4. 执行判决：如果法院判决被告支付滞纳金，被告需要按照判决内容向原告支付。如果被告不履行判决，原告可以申请法院强制执行。

四、特殊情况说明

虽然滞纳金通常是给原告的，但在某些特殊情况下，如合同无效或被撤销、滞纳金条款显失公平等，法院可能会根据具体情况对滞纳金的支付进行调整或不予支持。此外，如果合同中同时约定了违约金和滞纳金，且两者性质相似，法院可能会根据公平原则和诚实信用原则进行综合考量，避免原告获得过分的利益。

总结与建议：

在合同纠纷中，被告支付的滞纳金通常是给原告的。为了确保自身权益，建议在签订合同时明确约定滞纳金的支付条款，并在违约发生时及时采取措施维护自身权益。如果遇到复杂的合同纠纷问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。