结论：医学生规培协议上写只退甲方违约金，是否包括国家补助，这主要取决于协议的具体条款内容以及相关法律法规的规定。一般情况下，若协议未明确将国家补助排除在违约金之外，则可能视为违约金的一部分；但若协议有明确约定或法律法规有特别规定，则需按约定或规定执行。以下从不同角度进行详细分析：
一、协议条款的约定
明确约定：如果规培协议中明确规定了违约金的计算方式，并且明确指出国家补助是否包含在内，那么应当按照协议的约定来执行。例如，协议可能规定“若乙方违约，需退还甲方已支付的所有费用，包括但不限于培训费、住宿费及国家补助等”，在这种情况下，国家补助显然是违约金的一部分。
未明确约定：如果协议中没有明确提及国家补助是否包含在违约金内，那么就需要根据协议的整体内容、目的以及相关法律法规来推断。在这种情况下，国家补助是否被视为违约金的一部分，可能存在一定的争议。
二、相关法律法规的规定
法律法规的特别规定：如果有关医学生规培的法律法规或政策文件对违约金的计算方式或包含内容有特别规定，那么应当优先适用这些规定。例如，如果某项政策明确规定“医学生规培期间获得的国家补助，在违约时无需退还”，那么即使协议中有相关约定，也可能因违反法律法规而无效。
一般法律原则：在缺乏特别规定的情况下，可以依据一般的法律原则来推断。例如，根据《民法典》中关于合同违约的规定，违约金应当以实际损失为基础，不得过分高于或低于实际损失。因此，在判断国家补助是否应包含在违约金内时，可以考虑国家补助的性质、目的以及甲方因乙方违约所遭受的实际损失等因素。
三、实际操作中的建议
仔细审查协议：在签订规培协议前，医学生应仔细审查协议条款，特别是关于违约金的计算方式和包含内容的规定。如果协议中存在模糊或不明确的地方，应及时与甲方沟通并明确约定。
咨询专业人士：如果医学生对协议条款或相关法律法规存在疑问，可以咨询专业的法律人士或相关机构，以获取更准确的法律意见和建议。
保留相关证据：在规培期间，医学生应妥善保管与规培相关的所有文件和证据，包括协议、支付凭证、国家补助发放记录等。这些证据在发生纠纷时可能起到关键作用。
最后，医学生规培协议上写只退甲方违约金是否包括国家补助，是一个需要根据协议条款和相关法律法规来具体判断的问题。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。