核心结论：面对亲生父亲长期殴打亲生儿子且无明显殴打痕迹的情况，可通过收集间接证据、向公安机关报案、寻求妇联或社区帮助、向法院申请人身安全保护令等途径进行举报和维权。以下是具体分析：

1. 收集证据：

   • 间接证据收集：尽管没有直接的殴打痕迹，但可以尝试收集其他间接证据来证明殴打行为的存在。例如，寻找可能的目击者（如邻居、亲戚、朋友等）的证言，他们可能听到过争吵或看到过异常情况；收集孩子可能因殴打而产生的心理问题的证据，如心理咨询记录、学校老师的反馈等；以及孩子可能因恐惧而表现出的异常行为或言语的记录。
   • 医疗记录：如果孩子因殴打而受伤，即使痕迹不明显，也可能有医疗记录可以证明。例如，因内部损伤而进行的检查或治疗记录。
   • 通讯记录：如果父亲有通过短信、电话或其他通讯方式威胁或承认殴打行为的记录，这些也可以作为证据。

2. 向公安机关报案：

   • 报案流程：携带收集到的证据，向当地公安机关报案。公安机关会根据《中华人民共和国治安管理处罚法》或《中华人民共和国刑法》的相关规定，对涉嫌殴打他人的行为进行调查。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十三条，殴打他人的，或者故意伤害他人身体的，处五日以上十日以下拘留，并处二百元以上五百元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。如果殴打行为构成犯罪，如故意伤害罪，将依法追究刑事责任。

3. 寻求妇联或社区帮助：

   • 妇联介入：妇联是维护妇女儿童权益的组织，可以提供法律援助、心理疏导等服务。可以向当地妇联反映情况，请求他们介入调解或提供帮助。
   • 社区调解：社区也可以作为调解机构，尝试通过调解的方式解决家庭矛盾。但需要注意的是，如果调解无果或情况严重，应及时寻求法律途径解决。

4. 向法院申请人身安全保护令：

   • 保护令申请：如果担心孩子的安全受到威胁，可以向法院申请人身安全保护令。法院会根据情况裁定禁止父亲实施家庭暴力，并可以责令其迁出住所等。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国反家庭暴力法》的相关规定，当事人因遭受家庭暴力或者面临家庭暴力的现实危险，可以向人民法院申请人身安全保护令。

额外建议：

• 心理支持：长期遭受家庭暴力可能对孩子造成严重的心理创伤，建议寻求专业心理咨询师的帮助，对孩子进行心理疏导和治疗。
• 法律援助：如果经济困难或需要专业的法律帮助，可以向当地法律援助机构申请法律援助，他们可以提供免费的法律咨询和代理服务。

在处理此类问题时，请务必保持冷静和理智，通过合法途径维护孩子的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。