结论前置：工厂里旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。这种做法违反了《劳动法》及相关法规中关于不得无故克扣或拖欠劳动者工资的规定。
详细分析：
法律依据与劳动者权益：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付当天的工资，而扣除三天工资的做法显然超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也明确规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这进一步强调了劳动者获取劳动报酬的合法权益。
规章制度的有效性：
- 用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理。然而，这些规章制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者明确公示告知。
- 如果规章制度未经这些程序，或内容违反法律规定（如旷工一天扣三天工资），那么该规定对劳动者不具有法律效力。用人单位不能依据这样的规章制度来克扣劳动者的工资。
经济损失与赔偿：
- 如果劳动者旷工的行为确实给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持。
- 赔偿的扣除部分也不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。因此，直接扣三天工资的做法通常不符合这一规定。
合法合理的处理方式：
- 对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行。
- 用人单位在处理员工旷工问题时，应当遵循合法、合理、公正的原则，并尊重劳动者的合法权益。不能采取过于严厉或不合法的扣罚措施。
劳动者的维权途径：
- 如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 在必要时，劳动者还可以依法提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。
综合建议：
- 作为劳动者，应当了解自己的合法权益，遵守公司的规章制度和劳动合同约定，避免无故旷工等行为的发生。
- 如果遇到用人单位不合法或不合理地克扣工资的情况，应当及时与用人单位沟通协商，并保留好相关证据以便维权。
- 作为用人单位，应当制定合法、合理、公正的规章制度和劳动合同条款，并严格按照法律规定执行。在处理员工旷工等问题时，应当遵循合法、合理、公正的原则，尊重劳动者的合法权益。
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